核心结论：工伤认定书两年才下来，停工留薪期工资的补发需结合具体情况判断，一般可要求用人单位补发停工留薪期内未支付的工资，但需注意时效和证据问题。以下是具体分析：

1. 停工留薪期工资的性质与支付义务
   根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。用人单位的支付义务是法定的，不因工伤认定程序延迟而免除。即使工伤认定书两年后才下达，只要停工留薪期实际存在（如医疗期、康复期等），用人单位仍需补发该期间未支付的工资。

2. 时效问题：两年是否影响主张权利

   • 劳动仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。但若停工留薪期工资争议发生在工伤认定书下达前，时效可能从认定书下达之日起重新计算（因此时才明确劳动关系和工伤性质）。
     
   • 特殊情形：若用人单位在停工留薪期内明确拒绝支付工资，或通过行为表明不履行义务（如停发工资、否认工伤），时效可能从拒绝之日起计算。两年时间可能接近或超过时效，但若存在时效中断（如协商、投诉）或中止（如不可抗力）情形，仍可主张权利。

3. 证据收集与补发计算

   • 证据要求：需证明停工留薪期的实际时长（如医疗证明、病假条）和原工资标准（如劳动合同、工资条、银行流水）。若用人单位未留存相关证据，职工可提供其他佐证（如同事证言、考勤记录）。
     
   • 补发范围：包括基本工资、奖金、津贴等固定福利待遇，但不包括加班费或非固定奖金（如年终奖需结合单位规定判断）。若停工留薪期超过12个月，需经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认延长，否则超出部分可能按病假工资处理。

4. 操作建议

   • 与用人单位协商：优先通过沟通要求补发，明确停工留薪期时长和工资标准，保留书面记录（如邮件、微信）。
     
   • 申请劳动仲裁：若协商无果，可在工伤认定书下达后一年内申请仲裁，主张补发工资及可能的赔偿金（如用人单位恶意拖欠）。
     
   • 注意程序衔接：若同时涉及工伤待遇（如医疗费、伤残补助金），可一并主张，避免多次诉讼。

提示：工伤认定延迟可能影响其他权益（如一次性伤残补助金时效），建议尽快处理。若有具体证据或细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合您的材料进一步解答。