结论：若因劳动争议纠纷员工与公司签订的和解协议内容违法，员工确实可以申请劳动仲裁来确认该协议的无效或部分无效。
详细分析：
和解协议的法律性质：
- 和解协议是双方就劳动争议事项达成的共识，并签署成书面文件。它具有一定的法律约束力，但前提是协议内容必须合法、合规。
违法内容的认定：
- 违法内容可能涉及违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、工作时间、休息休假、社会保险等。
- 若和解协议中的条款与这些强制性规定相悖，那么这些条款就是违法的，不具有法律效力。
申请劳动仲裁的依据：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位之间因劳动争议达成的和解协议，如果存在违法内容，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，请求确认该协议的无效或部分无效。
申请劳动仲裁的流程：
- 劳动者应准备相关证据材料，如和解协议、违法内容的证明等。
- 向所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和提交材料。
- 仲裁委员会将受理申请，并安排开庭审理。在审理过程中，双方可以陈述自己的观点和提供证据。
- 仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，确认和解协议的无效或部分无效。
可能的结果：
- 如果仲裁委员会确认和解协议违法，那么该协议将被视为无效或部分无效。这意味着协议中的违法条款将不再具有法律效力，双方需要重新协商或依据法律规定来处理劳动争议。
- 如果仲裁委员会认为和解协议合法有效，那么劳动者需要遵守协议内容，除非存在其他法定情形可以撤销或变更协议。
建议：
- 在签订和解协议前，劳动者应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果对协议内容有疑问或不确定是否合法，可以咨询专业律师或劳动争议调解机构。
- 一旦发现和解协议存在违法内容，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
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