结论：小时工在休假日被扣除商业保险费用是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若商业保险费用属于员工个人承担部分，且劳动合同或规章制度中有明确约定
   根据《社会保险法》及《劳动合同法》相关规定，商业保险（如补充医疗、意外险等）的缴费责任需以双方约定为准。若劳动合同或经民主程序制定的规章制度中明确约定“员工需承担部分商业保险费用，且休假日仍需分摊”，则用人单位扣除费用可能具有合法性。但需注意：

   • 约定需以书面形式呈现，且员工签字确认；
     
   • 扣除金额需合理，不得超出员工实际应承担部分；
     
   • 不得以“休假日”为由额外增加员工负担（如按工作日天数分摊，但休假日未提供劳动仍扣费）。

2. 若商业保险费用应由用人单位全额承担，或未明确约定员工承担部分
   根据《劳动法》第七十二条，社会保险（含法定社保）的缴费义务由用人单位和员工共同承担，但商业保险属于用人单位自愿提供的福利，其费用原则上应由用人单位全额承担。若：

   • 劳动合同或规章制度未约定员工需承担商业保险费用；
     
   • 或约定由用人单位承担，但实际扣除了员工费用；
     则用人单位的行为涉嫌违法，员工有权要求返还被扣费用。

3. 若扣除行为违反地方性法规或行业规定
   部分地区可能对商业保险缴费有特殊规定（如禁止扣减员工工资用于商业保险），或特定行业（如建筑业）要求用人单位必须为员工购买商业保险且承担全部费用。此时需结合当地政策进一步判断合法性。

建议行动：

• 第一步：核查劳动合同、员工手册或规章制度中关于商业保险的条款，确认是否有“员工承担费用”的约定；
  
• 第二步：若未约定或约定不明，可与用人单位沟通，要求提供扣费依据（如保险合同、缴费凭证等）；
  
• 第三步：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁主张返还被扣费用。
  

温馨提示：商业保险与法定社保不同，其缴费规则更依赖双方约定，但约定不得违反法律强制性规定。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。