员工请假两天，单位不应因此扣除其应缴纳的社保费用。以下是具体的分析：
一. 社保费用的缴纳与请假无直接关系
- 社保费用的缴纳是基于员工与单位的劳动关系，以及相关的法律法规规定，如《中华人民共和国社会保险法》等，与员工是否请假无关。
- 员工请假，无论是事假、病假还是其他类型的假期，只要其劳动关系仍然存续，单位就应当按照规定为其缴纳社保费用。
二. 单位不应因请假扣除社保费用
- 如果单位因为员工请假而扣除其社保费用，这实际上是对员工权益的侵害，违反了社保法律法规的规定。
- 员工有权要求单位按照法律法规的规定为其缴纳社保费用，如果单位拒绝或拖延缴纳，员工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
三. 请假可能影响的是工资收入
- 员工请假可能会影响其当月的工资收入，因为单位可能会根据请假天数和相关的考勤制度扣减相应的工资。
- 但这并不意味着单位可以因此扣除员工的社保费用。社保费用的缴纳与工资收入是两个不同的概念，不应相互混淆。
我建议：如果员工发现单位因为请假而扣除了其社保费用，应当及时与单位沟通，要求单位按照规定为其缴纳社保费用。如果单位拒绝或拖延缴纳，员工可以向当地社保部门投诉或咨询专业的劳动法律师寻求帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。