员工请假期间扣减社保费用是不合法的。下面我将从法律依据、缴纳责任、请假期间的具体情况、特殊情况下的缴费基数调整、单位未按时足额缴纳社保的后果以及员工权益保护建议这几个方面，为您详细解释这一问题。
一、法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，用人单位有义务自行申报并按时足额缴纳社会保险费，且非因不可抗力等法定事由不得缓缴或减免。这意味着，只要员工与用人单位的劳动合同关系存续，无论员工是否请假，用人单位都必须按规定为员工缴纳社保。
二、缴纳责任
社保费用由用人单位缴纳的部分和劳动者个人承担的部分组成。劳动者个人承担的部分会由用人单位在每月工资中代扣代缴。员工请假经过单位同意的，仅需支付个人部分的社保费用，用人单位应承担的单位部分不受影响。
三、请假期间的社保缴纳具体情况
事假：员工请事假并经单位同意的，虽然单位可以不支付事假期间的工资，但社保费用仍需正常缴纳。单位应继续缴纳其应承担的部分，员工个人部分可由单位在下月工资中扣除。
病假：员工请病假期间，单位同样需要为其缴纳社保费。根据相关法律规定，劳动者在患病期间依法享受社会保险待遇，包括医疗期内的社保缴纳。
四、特殊情况下的缴费基数调整
如果员工请假时间过长，导致工资收入大幅减少，且符合当地社保部门关于缴费基数调整的规定和流程，那么以实际工资收入作为社保缴费基数的调整可能是合理的。但这需要严格按照相关规定执行，并确保员工的社保权益不受损害。不过，这并不意味着可以扣减社保费用，而是调整缴费基数，单位应承担的社保缴纳责任依然存在。
五、单位未按时足额缴纳社保的后果
如果用人单位未按时足额缴纳社会保险费，将面临一系列后果，包括社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足，并自欠缴之日起按日加收万分之五的滞纳金；逾期仍不缴纳的，有关行政部门将处欠缴数额一倍以上三倍以下的罚款；员工的社保权益受到损害，有权向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
六、员工权益保护建议
为确保自身社保权益得到保障，员工在请假前应详细了解单位的规章制度，特别是关于请假期间的薪资待遇和社保缴纳情况的规定。如果发现单位存在不合理扣减社保费用的行为，员工可以采取以下措施维护自身权益：首先与用人单位进行沟通，要求其纠正错误做法；若沟通无果，可以向当地劳动监察部门投诉；或者向劳动争议仲裁机构申请仲裁，以确保自身社保权益得到公正处理。
综上所述，员工请假期间扣减社保费用是不合理的，用人单位应继续承担其应有的社保缴纳责任，确保员工的社保权益得到充分保障。