结论前置：员工已提交请假条但公司仍扣保险是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 社会保险的缴纳义务与请假无关
   根据《社会保险法》第五十八条、第六十条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险）。这一义务是法定的，不因员工请假、旷工或停工等状态而免除。即使员工请假（无论事假、病假或其他合法假期），只要劳动关系存续，公司就需继续缴纳社保，不得以“扣保险”形式转嫁成本。

2. 公司扣保险的常见违法情形

   • 直接扣减员工社保缴费：例如，员工请事假1个月，公司停缴当月社保或要求员工全额承担公司应缴部分，均属违法。
     
   • 以“请假扣钱”名义变相减少社保缴费基数：社保缴费基数应为员工上年度月平均工资（新入职员工为首月工资），公司不得因请假降低基数。若公司以“请假期间工资减少”为由调整基数，需符合当地社保政策（如部分地区允许按实际工资申报，但不得低于最低基数）。
     
   • 要求员工签署“自愿放弃社保”协议：即使员工请假期间签署此类协议，也因违反《社会保险法》而无效，公司仍需补缴。

3. 例外情形：劳动关系解除或中止
   若员工请假后，公司依法解除劳动合同（如严重违反规章制度），或员工主动离职，则劳动关系终止，公司无需再缴纳社保。但需注意：

   • 解除程序合法性：公司需证明解除理由符合《劳动合同法》第三十九条、第四十条等规定，否则可能构成违法解除，需继续履行合同或支付赔偿金，并补缴社保。
     
   • 中止劳动关系需协商一致：若双方协商一致中止劳动关系（如停薪留职），需签订书面协议并明确社保缴纳方式。若未协商一致，公司单方停缴社保仍属违法。

4. 员工维权建议

   • 与公司协商：要求公司出示社保缴费记录，核对缴费基数和月份，明确扣减依据。
     
   • 向社保部门投诉：携带劳动合同、请假条、工资条等证据，向当地社保局或劳动监察大队举报，要求公司补缴社保并处罚。
     
   • 申请劳动仲裁：若公司拒不改正，可申请仲裁，主张补缴社保、赔偿损失（如因未缴社保导致无法享受医保报销的损失）。

总结：员工请假期间，公司无权以“扣保险”形式减少社保缴纳，除非劳动关系已合法解除或中止。若遇到此类情况，建议先与公司沟通，若无法解决，及时通过法律途径维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询。