结论是：违法发包的情况下，通常是由具备用工主体资格的发包方（即公司）来支付拖欠工资，但具体责任承担还需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
从违法发包的责任承担主体来看
根据《保障农民工工资支付条例》等相关规定，建设单位或者施工总承包单位将建设工程发包或者分包给个人或者不具备合法经营资格的单位，导致拖欠农民工工资的，由建设单位或者施工总承包单位清偿。也就是说，如果公司存在违法发包行为，将工程发包给了没有相应资质或者不具备用工主体资格的个人或单位，当出现拖欠工资的情况时，公司作为发包方，要承担支付拖欠工资的责任。
例如，某建筑公司将一个工程项目发包给了一个没有建筑资质的包工头，包工头雇佣了一批农民工进行施工，但包工头拿到工程款后却拖欠农民工工资。此时，建筑公司作为违法发包方，就需要对农民工被拖欠的工资进行清偿。
从实际用工关系的角度分析
虽然公司存在违法发包行为，但如果实际用工关系存在于劳动者和实际施工人（如包工头）之间，公司可能并非直接的用工主体。不过，基于保护劳动者权益的原则，法律会突破合同相对性，要求公司承担支付工资的责任。但这并不意味着实际施工人完全免责，在公司承担支付责任后，如果实际施工人与公司之间存在相关约定，公司有权向实际施工人进行追偿。
比如，上述例子中，建筑公司支付了农民工工资后，如果建筑公司和包工头之间有合同约定，包工头应自行承担农民工工资支付义务，那么建筑公司支付工资后，可以依据合同向包工头追偿。
从特殊情况来看
如果公司能够证明自己已经按照合同约定将工程款足额支付给了实际施工人，且实际施工人故意拖欠工资，同时公司不存在过错，那么公司的责任可能会相对减轻。但在实践中，要证明这一点难度较大，因为公司作为发包方，有义务对实际施工人的用工和工资支付情况进行监督和管理。
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