结论：总公司转到子公司，员工是否有经济补偿金以及该行为是否合法，需根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
一、经济补偿金问题
协商一致调动且劳动关系延续：
- 如果员工与总公司协商一致，同意调动到子公司，并且劳动关系也相应地从总公司转移到子公司，同时劳动合同中的条款（如工作年限、工资待遇等）没有发生不利变化，那么在这种情况下，员工通常是没有经济补偿金的。因为这属于劳动合同主体的变更，而非劳动合同的解除或终止。
调动导致劳动合同解除或终止：
- 如果调动导致员工与总公司的劳动合同解除或终止，并且这种解除或终止是出于总公司的原因（如公司重组、业务调整等），而非员工个人原因，那么根据《劳动合同法》的相关规定，员工有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算通常依据员工在总公司的工作年限和月工资标准来确定。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
子公司未承接劳动关系且未支付补偿：
- 如果员工被调动到子公司后，子公司未与员工签订新的劳动合同，也未承接原总公司的劳动关系，同时总公司也未支付经济补偿金，那么员工可以依法向总公司或子公司主张经济补偿金，具体取决于劳动关系的实际承接情况和相关法律法规的规定。
二、合法性问题
遵守法律法规和劳动合同：
- 总公司将员工调动到子公司，必须遵守国家相关的法律法规和劳动合同中的约定。如果调动违反了法律法规或劳动合同中的条款（如未经员工同意擅自调动、降低员工工资待遇等），那么这种调动行为可能是不合法的。
保障员工权益：
- 在调动过程中，总公司应保障员工的合法权益不受侵害。例如，应提前与员工进行协商，告知调动的原因、目的、条件等；应确保员工的工资待遇、社会保险等不受不利影响；应为员工提供必要的培训和指导等。
程序合法性：
- 调动程序也应合法合规。例如，应签订书面的调动协议或劳动合同变更协议；应办理相关的社会保险转移手续等。如果调动程序存在瑕疵或违法行为，那么这种调动行为也可能被认定为不合法。
建议：
- 对于员工而言，如果面临从总公司调动到子公司的情况，应仔细了解调动的原因、目的、条件等，并与总公司进行充分协商。如果调动导致自己的合法权益受到侵害，可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司而言，在进行员工调动时，应遵守国家相关的法律法规和劳动合同中的约定，保障员工的合法权益不受侵害。同时，应完善调动程序，确保调动的合法性和合规性。
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