结论：换子公司时公司提取赔偿金是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若不符合法定或约定的赔偿情形，公司提取赔偿金是不合法的。
详细分析：
法定赔偿情形：
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，公司提取赔偿金通常需要有合法的依据，如员工违反公司规章制度、给公司造成经济损失等。若换子公司本身并不构成公司提取赔偿金的法定理由，那么公司无权因此提取赔偿金。
- 例如，如果员工在换子公司过程中并未违反任何公司规定或法律法规，且未给公司造成经济损失，那么公司提取赔偿金就是不合法的。
约定赔偿情形：
- 除了法定赔偿情形外，公司和员工之间还可以通过劳动合同或相关协议约定赔偿条款。但这些约定必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果劳动合同或相关协议中明确规定了换子公司时公司可以提取赔偿金的具体情形和条件，且这些情形和条件符合法律法规的规定，那么公司提取赔偿金可能是合法的。但这种情况较为特殊，需要具体查看劳动合同或相关协议的内容。
实际操作中的注意事项：
- 在实际操作中，公司提取赔偿金往往需要提供充分的证据来证明员工存在违约行为或给公司造成了经济损失。如果公司无法提供这些证据，那么其提取赔偿金的行为就可能被视为不合法。
- 此外，即使公司有合法的理由提取赔偿金，也需要按照法律法规规定的程序进行，如提前通知员工、与员工协商等。如果公司未按照法定程序进行，那么其提取赔偿金的行为也可能被视为不合法。
法律建议：
- 如果您面临换子公司时公司提取赔偿金的情况，首先应查看劳动合同或相关协议中是否有关于赔偿的约定，并了解这些约定是否合法、合理。
- 如果公司无法提供充分的证据证明您存在违约行为或给公司造成了经济损失，或者公司未按照法定程序进行赔偿提取，那么您可以拒绝支付赔偿金，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 在任何情况下，都建议您咨询专业律师的意见，以便更好地了解自己的权利和义务，并做出明智的决策。
可能后果：
- 如果公司非法提取赔偿金，您有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求公司返还非法提取的赔偿金，并可能获得相应的赔偿。
- 同时，公司也可能因非法提取赔偿金而面临法律责任，如被罚款、被要求赔偿员工损失等。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。