公司主体变更时，员工是否可以提出补偿金需视具体情况而定，这一做法在特定情形下是合法的。以下从不同角度进行分析：
公司单纯名称、法定代表人、股东变更：
- 若公司仅发生名称、法定代表人或股东的变更，而劳动合同的履行条件、工作岗位、工作地点、工资待遇等均未发生变化，那么员工通常不能基于公司主体变更要求公司支付补偿金。因为根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十三条的规定，用人单位变更名称、法定代表人、主要负责人或者投资人等事项，不影响劳动合同的履行。
公司合并、分立等情形：
- 若公司出现合并、分立等情形，原劳动合同依旧有效，且由承接其权利和义务的用人单位继续履行。在此情况下，员工一般也不能提出劳动补偿要求。但如果在变更过程中存在降低劳动条件等损害劳动者权益的情况，劳动者可以拒绝并要求获得补偿。
公司转让后新主体不认可原劳动关系：
- 若公司转让后，新的主体不认可原劳动关系，这种情形属于违法解除劳动关系。在此情况下，劳动者能够要求劳动补偿，包括经济补偿金等相关补偿。经济补偿金的标准通常依据劳动者在用人单位的服务年限来确定，每满一年支付一个月的工资作为补偿；对于工作时间不足六个月的，则支付半个月的工资作为经济补偿。
公司擅自变更劳动合同内容：
- 若公司在主体变更过程中擅自变更员工的工作岗位、工作地点、降低工资待遇等，且未能与员工协商一致，导致劳动合同无法履行或员工权益受损，那么员工可以依据相关法律规定要求公司承担相应的法律责任，包括支付经济补偿等。
法律建议：
- 员工在遇到公司主体变更的情况时，应首先与公司进行协商，了解变更的具体内容和影响。
- 若协商无果，且认为自身权益受到侵害，员工可以保留好相关证据（如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等），并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自身权益。
- 在整个过程中，员工应保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。
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