结论：老板上报工资高于实际工资，并在工资发放后要求工人退还差额，这种做法对工人可能产生多方面的影响，包括但不限于社保缴纳、经济补偿金计算、个人所得税缴纳以及潜在的劳动纠纷风险。
详细分析：
社保缴纳方面：
- 社保的缴纳基数通常是根据员工的工资来确定的。如果老板上报的工资高于实际工资，那么社保的缴纳基数也会相应提高。然而，由于工人实际并未获得这部分高报的工资，因此在退还差额后，工人实际上承担了更高的社保费用比例（相对于其实际收入）。
- 长期来看，这可能影响工人的社保权益，如养老金、医疗保险等，因为这些权益的计算往往与缴纳基数和缴纳年限有关。
经济补偿金计算方面：
- 在劳动纠纷中，如果涉及到经济补偿金的计算（如解除劳动合同的经济补偿），通常是根据员工的平均工资来计算的。如果老板上报的工资高于实际工资，那么计算出的经济补偿金也会相应偏高。
- 但由于工人实际并未获得这部分高报的工资，且在退还差额后，其实际收入降低，这可能导致工人在实际获得经济补偿金时面临争议或减少。
个人所得税缴纳方面：
- 个人所得税是根据员工的实际收入来计算的。如果老板上报的工资高于实际工资，并据此代扣代缴了个人所得税，而工人又退还了差额，那么工人实际上可能多缴纳了个人所得税。
- 工人可能需要通过退税流程来申请退还多缴的税款，这增加了工人的税务处理复杂性和时间成本。
潜在的劳动纠纷风险：
- 这种做法可能引发工人对老板的不信任，进而产生劳动纠纷。例如，工人可能认为老板在故意虚报工资以逃避某些法律责任或获取不当利益。
- 如果纠纷升级，工人可能需要通过法律途径来维护自己的权益，这将耗费工人的时间、精力和金钱。
建议：
- 与老板沟通：工人应首先与老板进行沟通，明确工资的实际数额和上报数额的差异原因，并要求老板按照实际工资进行上报和缴纳社保、个税等。
- 保留证据：工人应保留好与工资相关的所有证据，如工资条、银行转账记录、与老板的沟通记录等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果或老板拒绝改正，工人可以寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的权益。
示例说明：
假设工人的实际工资为10000元，但老板上报为13000元，并在工资发放后要求工人退还3000元。在这种情况下，工人的社保缴纳基数、经济补偿金计算基数以及个人所得税的缴纳都可能受到影响。如果工人长期在这种模式下工作，其社保权益、经济补偿金以及个人所得税都可能面临不利后果。因此，工人应积极与老板沟通并寻求法律帮助以维护自己的权益。