结论：办理了营业执照并装修好后却办理不了食品经营许可证，由此产生的损失责任归属需根据具体情况来判断，可能是由行政机关、申请人自身或第三方原因导致，不同原因下责任承担方不同。
详细分析：
行政机关原因：
- 如果因为行政机关（如市场监督管理局）的原因，如审批流程延误、政策变动导致无法及时办理食品经营许可证，且这种延误或变动并非由于申请人自身原因造成，那么根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关可能需要承担相应的责任。这种情况下，申请人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求行政机关赔偿因此造成的损失。但需注意，此类情况较为少见，且需要申请人提供充分证据证明行政机关存在过错。
申请人自身原因：
- 如果因为申请人自身的原因，如提交的材料不齐全、不符合法定形式，或者申请人不具备从事食品经营活动的资质（如未达到食品安全标准、未配备必要的食品安全管理人员等），导致无法办理食品经营许可证，那么损失应由申请人自行承担。在这种情况下，申请人需要积极整改，满足办理条件后重新申请。
第三方原因：
- 如果因为第三方的原因，如装修承包商未按约定完成装修工程，导致无法满足食品经营许可的现场核查要求，或者供应商提供的设备不符合食品安全标准等，那么损失应由第三方承担。申请人可以依据与第三方签订的合同，通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式要求第三方赔偿损失。
法律建议：
- 收集证据：无论哪种情况，申请人都应尽可能收集相关证据，如与行政机关的沟通记录、提交的材料清单、与第三方的合同及付款凭证等，以便在需要时证明自己的权益。
- 咨询专业律师：在处理此类纠纷时，建议申请人咨询专业律师，以便更准确地判断责任归属，并制定有效的维权策略。
- 积极整改与重新申请：如果是因为自身原因导致无法办理食品经营许可证，申请人应积极整改，满足办理条件后重新申请，以避免进一步的损失。
可能后果：
- 如果责任在行政机关或第三方，申请人可能通过法律途径获得相应的赔偿。
- 如果责任在申请人自身，申请人可能需要自行承担损失，并投入更多时间和资源进行整改和重新申请。
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