结论概述：企业与村委签订协议使用村集体水井取水，是否会受到处罚，这主要取决于取水行为是否符合相关法律法规的规定，以及协议的具体内容。以下从多个角度进行分析：

1. 合法取水情况：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国水法》等相关法律法规，取水应当依法取得取水权，并按照批准的取水许可规定条件取水。如果企业与村委签订的协议中，明确约定了取水的合法性，且企业已经按照相关规定办理了取水许可手续，那么企业的取水行为就是合法的，不会受到处罚。
   • 协议内容：协议中应明确取水的用途、数量、方式等，并确保这些条款符合法律法规的规定。同时，协议还应约定双方的权利义务，包括取水费用的支付、水井的维护管理等，以确保取水行为的可持续性和合法性。

2. 非法取水情况：

   • 未办理取水许可：如果企业未按照相关规定办理取水许可手续，就擅自取水，那么这种行为就是非法的，可能会受到水行政主管部门的处罚，包括罚款、责令停止取水等。
   • 协议违法：如果企业与村委签订的协议中，存在违反法律法规的条款，如取水数量超过规定限额、取水方式破坏水资源等，那么这种协议就是无效的。企业依据无效协议进行的取水行为，同样可能受到处罚。
   • 损害公共利益：如果企业的取水行为损害了公共利益，如导致周边地区水资源短缺、影响生态环境等，那么企业不仅可能受到行政处罚，还可能承担民事赔偿责任。

3. 特殊情况考虑：

   • 紧急用水：在特殊情况下，如火灾、干旱等紧急情况下，企业为了公共利益的需要，可能未经许可而临时取水。但这种情况应当及时向水行政主管部门报告，并在事后补办相关手续。
   • 历史遗留问题：对于一些历史遗留的取水问题，如企业长期使用村集体水井取水但未办理相关手续的情况，应当根据具体情况进行妥善处理。如果符合相关政策规定，可以补办手续；如果不符合，则应当停止取水行为。

法律建议：

• 办理取水许可：企业在与村委签订协议前，应当先了解并遵守相关法律法规的规定，办理取水许可手续。
• 审查协议内容：签订协议时，应当仔细审查协议内容，确保条款合法、合规，并明确双方的权利义务。
• 关注公共利益：在取水过程中，应当关注公共利益，避免损害周边地区的水资源和生态环境。
• 及时咨询法律：如果企业对取水行为的合法性存在疑问，或者遇到相关法律问题，应当及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和帮助。

总之，企业与村委签订协议使用村集体水井取水，是否会受到处罚，取决于取水行为的合法性和协议的具体内容。企业应当遵守相关法律法规的规定，确保取水行为的合法性和可持续性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。