针对“企业有取水许可证但超采地下水会如何处罚”的问题，首先我们要明确的是，虽然企业已经拥有了取水许可证，但这并不意味着可以无限制地开采地下水。取水许可证通常会规定取水的量、时间、地点等具体条件，超采则违反了这些规定。

根据《中华人民共和国水法》及其实施条例，以及地方上的相关水资源管理规定，对于超采地下水的行为，水行政主管部门或流域管理机构有权进行处罚。具体的处罚措施可能包括：

1. 责令停止违法行为：要求企业立即停止超采地下水的行为，以确保地下水资源的合理利用和保护。

2. 罚款：根据超采的严重程度和造成的后果，对企业处以相应的罚款。罚款的金额通常会在相关的法律法规中明确规定，比如《中华人民共和国水法》就规定，擅自取水的可以处二万元以上十万元以下的罚款。对于超采行为，虽然企业有取水许可证，但也可能面临类似的罚款处罚。

3. 限期采取补救措施：要求企业在规定的时间内采取补救措施，如回灌地下水、修复受损的水资源环境等，以减轻超采对地下水资源的破坏。

4. 吊销取水许可证：如果企业的超采行为特别严重，或者多次违反规定，水行政主管部门或流域管理机构有权吊销其取水许可证，禁止其继续开采地下水。

5. 其他法律后果：除了上述行政处罚外，企业还可能面临民事赔偿、刑事责任等法律后果。如果超采地下水导致他人损失或公共利益受损，企业可能需要承担相应的赔偿责任。如果构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

综上所述，企业即使拥有取水许可证，也不能超采地下水。一旦超采，将面临一系列的法律后果和处罚。因此，企业应该严格遵守相关法律法规和取水许可证的规定，合理开采地下水，保护水资源环境。