针对您提出的“公司搬迁员工不愿去，现起诉要求赔偿公司如何处理”的问题，这确实是一个涉及劳动合同法和员工权益的复杂情况。以下是我为您详细梳理的处理步骤和考虑因素：
一、法律框架与依据
首先，公司需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，当劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，且经用人单位与劳动者协商未能就变更劳动合同内容达成协议时，用人单位可以解除劳动合同，但需支付经济补偿。
二、判断搬迁性质与影响
本市行政区域内搬迁：
- 如果搬迁不显著增加员工的通勤距离或时间，通常不被视为劳动合同无法履行的重大变化。此时，员工应服从公司安排，若员工主动离职，公司通常无需支付经济补偿。
- 若搬迁导致通勤距离显著增加，且公司未提供交通补贴、班车等便利措施，可能被视为劳动合同无法履行。此时，若双方未能就变更劳动合同达成协议，公司解除合同的需支付经济补偿金。
跨市搬迁：
- 跨市搬迁通常被视为劳动合同订立时的客观情况发生重大变化。员工不愿随迁的，公司应与员工协商变更劳动合同（如调整工作地点、提供交通补贴等）。协商不成的，公司可解除合同，但需支付经济补偿金。
三、经济补偿金的计算与支付
- 计算标准：经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 支付方式：经济补偿金应一次性支付给员工。
四、其他可能的赔偿
- 通勤费用增加：若搬迁导致员工通勤费用显著增加，且公司未提供相应补贴或便利措施，员工可要求公司给予相应赔偿。
- 安置费用：若公司因搬迁需要对员工进行安置（如提供新岗位、安排到其他分支机构等），应支付相关安置费用。
五、公司处理流程
与员工沟通：
- 公司应首先与员工进行充分沟通，了解员工的意愿和需求，尝试通过协商解决问题。
- 解释搬迁的原因、目的和可能对员工产生的影响，以及公司提供的补偿和安置方案。
确定赔偿方案：
- 根据法律法规和公司政策，结合员工的实际情况（如工作年限、工资水平、通勤距离等），制定合理的赔偿方案。
- 赔偿方案应体现公平公正原则，确保每位受影响的员工都能得到合理的补偿。
签订协议：
- 与员工签订赔偿协议，明确赔偿金额、支付方式、时间节点等关键信息。
- 协议应双方签字盖章，具有法律效力。
执行赔偿：
- 按照协议约定的时间和方式，及时足额地向员工支付赔偿金。
- 保留好支付凭证和相关文件，以备后续可能的法律纠纷。
六、注意事项
- 合法合规：公司在制定和执行赔偿方案时，必须确保符合相关法律法规的要求，避免法律风险。
- 人文关怀：在搬迁过程中，公司还应关注员工的心理和生活需求，提供必要的支持和帮助，以缓解员工的压力和焦虑情绪。
- 保留证据：公司应妥善保留与员工沟通、协商、签订协议以及支付赔偿金的相关证据，以备后续可能的法律纠纷。
综上所述，公司搬迁导致员工不愿去时，公司应依据相关法律法规和公司政策，结合员工的实际情况，制定合理的赔偿方案，并通过充分沟通、签订协议和执行赔偿等步骤来妥善处理此事。