结论：总包在代付工资后，其追偿对象主要取决于分包方、借资质人以及实际施工人（转包后的承包人）之间的法律关系和责任划分。一般来说，总包可以向分包方追偿，若分包方无力承担或存在过错，总包也可能根据具体情况向借资质人或实际施工人追偿。
分析说明：
总包与分包方的关系：
- 总包明知分包方借用资质承包工程，这本身可能构成对分包方资质审核的疏忽或过错。然而，从合同相对性原则出发，总包与分包方之间存在合同关系，分包方作为合同的一方，应当承担支付工资的责任。
- 若总包已经代付了工资，那么总包有权根据与分包方的合同关系，向分包方追偿这部分费用。分包方作为直接的责任主体，应当承担最终的支付责任。
分包方与借资质人的关系：
- 借资质人通过借用资质的方式承包工程，这本身是一种违法行为。若借资质人在承包后转包给实际施工人，并因此导致工资支付问题，借资质人也可能需要承担一定的责任。
- 在总包追偿的过程中，如果分包方无力承担或拒绝承担支付责任，总包可能会考虑将借资质人作为共同被告或第三人，要求其承担相应的法律责任。这取决于借资质人在整个过程中的过错程度以及其与分包方、实际施工人之间的法律关系。
实际施工人的责任：
- 实际施工人作为工程的最终实施者，直接雇佣了工人并产生了工资支付义务。如果实际施工人未能按时支付工资，导致总包代付，那么实际施工人显然需要承担支付责任。
- 在总包追偿的过程中，实际施工人应当作为重要的追偿对象。总包可以通过法律途径要求实际施工人支付代付的工资，并可能要求其承担因违约而产生的其他费用。
特殊场景：
- 如果分包方、借资质人或实际施工人之间存在明确的连带责任约定（如合同中的连带责任条款），那么总包在追偿时可以要求这些主体共同承担支付责任。
- 如果总包在代付工资时存在过错（如未尽到合理的审核义务），那么其追偿权可能会受到一定的限制或影响。
行动建议：
- 收集证据：总包在追偿前应当收集充分的证据，包括与分包方的合同、代付工资的凭证、分包方借用资质的证据以及实际施工人的相关信息等。
- 协商解决：在可能的情况下，总包可以尝试与分包方、借资质人或实际施工人进行协商，寻求和解或达成还款协议。
- 法律途径：如果协商无果，总包应当及时通过法律途径提起诉讼或申请仲裁，要求相关责任主体承担支付责任。
在整个过程中，总包应当密切关注相关法律法规的变化和司法实践的发展，以确保自己的追偿权得到充分保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。