结论：误工费是否需要扣掉公司已支付的部分，这主要取决于公司支付的性质以及相关法律法规的规定。一般情况下，如果公司支付的是工资或正常劳动报酬，且该支付与误工费无直接关联，则误工费不应被扣除；但如果公司支付的是因工伤等原因导致的停工留薪期工资，且该支付与误工费存在重叠，则可能需要根据具体情况进行扣除或调整。以下是对此问题的详细分析：
一、误工费的基本概念
误工费是指因他人侵权行为（如交通事故、工伤等）导致受害人无法正常工作，从而造成的收入损失。根据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》等相关法律法规，误工费应根据受害人的误工时间和收入状况确定。
二、公司支付的性质分析
工资或正常劳动报酬：
- 如果公司支付的是受害人正常工作期间的工资或劳动报酬，且该支付与误工费无直接关联（即受害人因侵权行为导致的误工并非公司原因造成），则误工费不应被扣除。因为此时公司支付的是受害人应得的劳动报酬，而误工费是因侵权行为导致的额外损失。
停工留薪期工资：
- 在工伤情况下，如果受害人因工伤需要暂停工作接受治疗，公司可能会支付停工留薪期工资。根据《工伤保险条例》的规定，停工留薪期工资是工伤保险待遇的一部分，旨在保障受害人在停工留薪期内的基本生活。
- 如果此时受害人同时获得了误工费的赔偿，且该误工费与停工留薪期工资存在重叠（即两者都是针对受害人因工伤无法工作期间的收入损失），则可能需要根据具体情况进行扣除或调整。一般来说，如果误工费计算的是受害人实际减少的收入，而停工留薪期工资已经覆盖了这部分收入，则误工费可能不再重复计算或需要相应扣除。
三、实际操作中的建议
明确支付性质：
- 首先，需要明确公司支付的性质是工资、正常劳动报酬还是停工留薪期工资等。这有助于确定误工费是否应被扣除或调整。
收集证据：
- 收集相关证据，如工资单、停工留薪期通知、医疗证明等，以证明公司支付的性质和受害人因侵权行为导致的误工情况。
协商或诉讼：
- 如果与公司就误工费的扣除问题存在争议，可以尝试通过协商解决。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决，如向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如受害人同时享受多种社会保险待遇或商业保险赔偿时，误工费的计算和扣除可能更加复杂。此时，建议咨询专业律师或相关机构以获取更具体的法律建议。
最后，误工费是否需要扣掉公司已支付的部分，取决于多种因素，包括公司支付的性质、相关法律法规的规定以及具体情况等。如果你对此问题仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。