结论：在合伙纠纷民事判决已过三年的情况下，能否就结算单重复计算的金额再次起诉，需视具体情况而定，主要取决于是否符合提起再审或另行起诉的条件。
分析角度一：再审程序
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。
再审条件：
- 申请再审通常需要在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出，但存在特定情形（如发现新证据、原判决认定事实的主要证据是伪造的等）的，可以自知道或者应当知道该情形之日起六个月内提出。
- 若结算单重复计算的问题属于“发现新证据”或“原判决、裁定认定事实的主要证据不足”等情形，且该问题在判决生效后三年内被发现，理论上仍有可能通过再审程序进行纠正。但需注意，三年时间可能已远超常规的再审申请期限，除非存在特殊情形且能提供充分证据证明。
实践操作：
- 实际操作中，再审程序的启动较为严格，需要提交充分的证据证明原判决存在错误。
- 若仅凭结算单重复计算这一点，且无其他有力证据支持，再审申请可能难以获得支持。
分析角度二：另行起诉
法律依据：
- 另行起诉通常适用于新的法律关系或新的诉讼请求。在合伙纠纷中，若结算单重复计算的问题未在原判决中涉及，且构成一个新的、独立的诉讼请求，理论上可以另行起诉。
实际情况：
- 然而，在合伙纠纷中，结算单通常是判决的重要依据之一。若原判决已基于该结算单作出，且未发现重复计算问题，另行起诉可能面临“一事不再理”的原则限制。
- “一事不再理”原则指的是，对已经发生法律效力的判决、裁定的案件，除法律另有规定外，不得就同一事实再行起诉和受理。
例外情形：
- 若能证明原判决中未对结算单重复计算问题进行审理，或该问题属于原判决遗漏的诉讼请求，可能有机会通过另行起诉的方式寻求救济。但这需要充分的证据支持，且法院会综合考虑案件的具体情况来决定是否受理。
建议：
收集证据：
- 首先，应尽可能收集能够证明结算单重复计算的证据，如原始账目、交易记录、证人证言等。
咨询专业律师：
- 鉴于再审和另行起诉的复杂性和严格性，建议咨询专业律师，对案件进行全面评估，确定最合适的救济途径。
考虑时效问题：
- 无论选择再审还是另行起诉，都需注意时效问题。尽快采取行动，以免因超过时效期限而丧失救济机会。
总结：在合伙纠纷民事判决已过三年的情况下，能否就结算单重复计算的金额再次起诉，需根据具体情况判断是否符合再审或另行起诉的条件。建议尽快收集证据并咨询专业律师，以确定最合适的法律策略。