结论前置：合同纠纷终结三年后，若认为判决认定事实不清，一般情况下不能再起诉，但存在特定例外情形可申请再审。以下为详细分析：

一、一般情况：不能再起诉

在合同纠纷案件已经终结（即判决已经生效）三年后，若当事人认为判决认定事实不清，通常情况下是不能再就同一事实和理由提起新的诉讼的。这是因为我国实行“一事不再理”原则，即对于已经发生法律效力的判决、裁定，当事人不得再次就同一事实和理由提起诉讼，以维护司法裁判的稳定性和权威性。

二、特定例外：可申请再审

尽管存在“一事不再理”原则，但在特定情形下，当事人仍有机会对已经生效的判决提出异议，这主要是通过申请再审的方式实现。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审。其中，认定事实不清是申请再审的法定理由之一。

申请再审的条件：

1. 时间限制：当事人申请再审，应当在判决、裁定发生法律效力后六个月内提出。但存在特定情形（如发现新的证据足以推翻原判决、裁定；原判决、裁定认定事实的主要证据是伪造的等），自知道或者应当知道之日起六个月内提出。

2. 法定理由：除了认定事实不清外，还包括适用法律错误、违反法定程序、审判人员有贪污受贿、徇私舞弊、枉法裁判行为等。

3. 提交材料：当事人申请再审的，应当提交再审申请书，并附原判决、裁定、调解书等法律文书副本，以及相关证据材料。

申请再审的后果：

• 若再审申请被受理，法院将组成合议庭对案件进行审查，并可能决定再审。再审期间，原判决、裁定不停止执行，但法院可以裁定中止执行。
• 若再审申请被驳回，则原判决、裁定继续有效，当事人不得再就同一事实和理由申请再审。

三、建议与提醒

1. 及时行动：如果您认为判决认定事实不清，且符合申请再审的条件，应尽快准备相关材料并提交再审申请，以免错过申请再审的时机。

2. 专业咨询：申请再审是一个复杂的法律程序，涉及众多法律条款和程序要求。因此，建议您在申请再审前咨询专业律师，以获取更全面、准确的法律建议。

3. 理性对待：即使申请再审，也不一定能改变原判决的结果。因此，您需要理性对待再审申请，做好心理准备。

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