在诉讼前发包方与承包方已经就工程款达成协议的情况下，法院不一定会启动司法鉴定，这主要取决于双方协议的具体内容以及案件的具体情况。以下从几个角度进行详细分析：

1. 双方协议具有法律效力：

   • 如果发包方与承包方在诉讼前已经就工程款达成了明确、具体的协议，并且该协议是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议通常具有法律效力。
   • 在这种情况下，如果双方能够按照协议履行，那么就没有必要启动司法鉴定程序。因为司法鉴定的目的通常是为了确定工程款的具体数额，而双方已经通过协议确定了这一数额。

2. 协议存在争议或不明确：

   • 如果双方虽然达成了协议，但协议内容存在争议或不明确之处，例如对工程款的计算方式、支付时间、支付条件等存在分歧，那么法院可能会考虑启动司法鉴定程序。
   • 司法鉴定可以帮助法院更准确地理解协议内容，确定工程款的具体数额，从而解决双方之间的争议。

3. 一方提出异议并申请鉴定：

   • 如果一方对双方达成的协议提出异议，并认为协议内容不真实、不合法或存在其他问题，同时向法院申请进行司法鉴定，那么法院在审查后认为有必要的情况下，可能会启动司法鉴定程序。
   • 法院会综合考虑双方的证据、协议内容以及案件的具体情况，来决定是否启动司法鉴定。

4. 法院认为需要鉴定以查明事实：

   • 在某些情况下，即使双方已经达成了协议，但法院可能认为为了查明案件事实、保护当事人合法权益，仍然有必要启动司法鉴定程序。
   • 例如，如果协议内容涉及复杂的工程计算或专业评估，而法院认为自己的专业知识不足以准确判断，那么可能会委托专业的鉴定机构进行鉴定。

法律建议：

• 如果双方已经就工程款达成了协议，建议尽量按照协议履行，以避免不必要的法律纠纷和鉴定程序。
• 如果协议内容存在争议或不明确之处，建议及时与对方沟通协商，寻求解决方案。如果无法协商解决，可以考虑通过法律途径解决争议。
• 在涉及工程款纠纷时，建议保留好相关证据，如合同、协议、支付凭证等，以便在需要时提供给法院或鉴定机构。

可能后果：

• 如果法院启动司法鉴定程序，可能会增加案件的处理时间和成本。
• 鉴定结果可能会对双方的权利义务产生影响，因此建议双方在协议达成前充分考虑各种因素，确保协议内容的明确性和合法性。

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