施工单位与工程司法鉴定单位协商鉴定费，一般需遵循以下程序：

1. 明确鉴定需求与范围
   双方应首先就工程鉴定的具体内容、范围、目的等达成一致，例如是针对工程质量、造价、工期还是其他专项问题。明确需求是协商鉴定费的基础，避免后续因范围不清产生争议。

2. 参考行业收费标准
   鉴定费的协商通常需参考当地或行业发布的《司法鉴定收费管理办法》《工程造价咨询收费标准》等规范性文件。例如，部分地区规定工程质量鉴定按争议标的额比例收费，或按工时、项目复杂程度综合定价。双方可据此作为协商基准。

3. 签订书面委托协议
   协商一致后，应签订《司法鉴定委托协议》，明确约定以下内容：

   • 鉴定费金额、支付方式（一次性或分期）、支付时间节点；
     
   • 鉴定过程中因范围变更导致费用调整的规则；
     
   • 鉴定报告出具后，若一方对结果有异议是否需额外付费；
     
   • 违约责任（如施工单位未按时付费，鉴定单位是否有权暂停工作）。

4. 留存费用协商证据
   若双方通过邮件、会议纪要等形式协商费用，建议保留书面记录，避免口头约定引发纠纷。例如，若鉴定单位口头承诺优惠价，但未写入协议，后续可能因人员变动或政策变化反悔。

5. 特殊情形处理

   • 法院委托鉴定：若鉴定由法院指定，费用通常由申请方（如施工单位）预缴，最终按责任比例分担。此时协商空间较小，需严格遵循法院要求。
     
   • 争议解决：若协商不成，可依据《民法典》合同编或《司法鉴定程序通则》申请调解，或通过诉讼/仲裁确定费用。

注意事项：

• 鉴定费不得与鉴定结果挂钩（如“按对施工单位有利的结论收费”），否则可能因违反公正性原则被认定无效。
  
• 若鉴定单位存在违规收费（如超标准收费、重复收费），施工单位可向当地司法行政部门投诉。
  

如有具体案件细节（如鉴定类型、争议金额等），可进一步向我说明，我会结合实务经验提供针对性建议。