工厂若存在12小时工作制的违法行为，需通过以下方式系统性解决，核心结论如下：

1. 立即停止违法行为，调整工时制度

   • 根据《劳动法》第36条，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周不超过44小时；第41条规定，因特殊原因需延长工时的，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。12小时工作制明显超出法定上限，工厂应立即停止该安排，将每日工作时间调整至8小时，或通过申请综合计算工时制、不定时工时制（需经劳动行政部门审批）合法延长工时。
     
   • 操作建议：重新制定排班表，确保员工每日工作时间符合法定标准；若需延长工时，优先通过调休补偿，而非直接支付加班费（因长期超时可能涉及系统性违法，调休更符合合规要求）。
     

2. 补发超时加班工资或安排补休

   • 根据《劳动法》第44条，延长工时的加班工资标准为：工作日150%、休息日200%（可补休替代）、法定节假日300%。若工厂已实施12小时工作制，需按实际超时部分补发工资或安排补休。
     
   • 操作建议：核算员工超时工作时长，按法定标准补发工资（如工作日超时4小时，按日工资的150%支付）；若选择补休，需与员工协商一致，并在1年内安排补休完毕。
     

3. 接受劳动行政部门处罚并整改

   • 根据《劳动保障监察条例》第25条，用人单位违反工时制度规定的，由劳动行政部门责令改正，并可按受侵害劳动者每人100-500元的标准处以罚款。若工厂拒不整改，可能面临更高罚款或停业整顿。
     
   • 操作建议：主动向当地劳动监察部门报告整改情况，配合调查；若已收到处罚决定，需在规定期限内缴纳罚款并提交整改报告，避免行政处罚升级。
     

4. 完善内部劳动管理制度

   • 工厂需建立合法的工时审批、加班申请、考勤记录制度，避免因管理漏洞导致违法。例如：
     
     • 申请综合计算工时制时，需明确计算周期（如季、年）及总工时上限；
       
     • 加班需经员工书面同意，并留存记录；
       
     • 定期审计考勤数据，确保无系统性超时。
       
   • 操作建议：修订《员工手册》或《考勤管理制度》，明确工时规则；组织管理层和员工培训，强化合规意识。
     

5. 应对员工维权风险

   • 若员工已就超时工作提起劳动仲裁或诉讼，工厂需积极应对：
     
     • 核实员工主张的超时时长及加班费计算是否准确；
       
     • 提供合法排班表、考勤记录、工资支付凭证等证据，证明已履行法定义务；
       
     • 若存在违法事实，可与员工协商和解，降低诉讼成本。
       
   • 操作建议：建立劳动争议预警机制，定期排查用工风险；若发生纠纷，优先通过调解解决，避免影响企业声誉。
     

总结：工厂解决12小时工作制违法问题的关键在于“立即整改+补偿员工+接受监管+完善制度”，通过系统性调整避免法律风险。若需进一步分析具体操作细节（如加班费核算、工时制申请流程），可直接向我咨询。