工厂工作时间12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。以下从不同角度进行详细分析：

一、一般情况下的违法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护劳动者身体健康的重要法律基础。如果工厂安排员工每日工作超过十二小时，明显超出了法律规定的正常工作时间和加班时长限制，构成了对劳动者合法权益的侵害。

二、特殊情况下的合法性探讨

虽然一般情况下工厂工作时间12小时是违法的，但在某些特殊情况下，可能不构成违法。这些特殊情况主要包括：

1. 不定时工作制：

   • 适用于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等。
   • 在此制度下，上班12小时不一定违法，但需确保职工整体工作时间和休息权益得到保障，且需经过劳动行政部门的审批。

2. 综合计算工时工作制：

   • 以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。
   • 适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。
   • 在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。若工厂实行此制度且经过合法审批，同时确保劳动者的整体工作时间和休息权益，则上班12小时可能不违法。

3. 依法延长工作时间：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
   • 若工厂因特殊原因需要延长工作时间，且经过与工会和劳动者的协商，同时确保劳动者的身体健康，并依法支付加班工资，那么在某些特定情况下（如紧急生产任务、突发事件处理等），安排员工工作12小时可能不构成违法。但这种情况应该是偶尔发生且有合理事由，不能成为常态。

三、劳动者的权益保护

无论工厂是否构成违法，劳动者都有权要求工厂保障其合法权益。如果工厂长时间安排员工每日工作超过十二小时，且未依法支付加班工资或未保障劳动者的休息权益，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：

1. 向劳动监察部门投诉：劳动者可以向当地劳动监察部门提出投诉，请求其对工厂的违法行为进行查处。劳动监察部门将依法进行调查，并要求工厂改正违法行为，同时可能给予工厂相应的行政处罚。

2. 通过劳动仲裁等途径维权：劳动者还可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决，确保劳动者的合法权益得到保护。

总结与建议：工厂工作时间12小时在未经特定程序和批准的情况下是违法的。劳动者在面对此类违法行为时，应勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。同时，建议工厂严格遵守劳动法律法规，合理安排员工的工作时间，确保劳动者的休息权益和身体健康得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。