工厂工作超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是不合法的。下面我将从多个角度为你详细分析：
一、一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家明确实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（一般为四十小时）的工时制度。因此，在常规情况下，要求工人每天工作12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
二、特殊情况下的合法性分析
综合计算工时工作制：
- 部分企业因工作性质特殊，如连续作业或受季节及自然条件限制，可采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。
- 在此制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间（例如，一个月约为167小时）。
- 企业实行此类工时制需经过劳动行政部门的审批，否则仍属违法。如果工厂已经获得了这样的审批，并且在综合计算周期内的工作时间没有超出法定标准，那么每天工作12小时可能是合法的。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可实行不定时工作制。
- 在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定，但也需经过劳动行政部门审批。如果工厂的员工属于这类岗位，并且已经获得了不定时工作制的审批，那么每天工作12小时也可能是合法的。
加班的合法性：
- 用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。
- 超出此范围的加班均属违法，即使与劳动者协商一致也不能违反法律规定。如果工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资，那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作12小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。但只要每月总的加班时长不超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。不过，从劳动者健康和权益保护的角度来看，长期每天加班四小时并不被推荐。
紧急情况下的例外：
- 在自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。
- 但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
三、法律责任与救济途径
- 若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。
- 同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬（工作日延长工作时间）；休息日加班且不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定节假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果用人单位未按时足额支付劳动报酬、加班费等，劳动者还可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，要求用人单位支付经济补偿等。
总结与建议：
工厂工作超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是不合法的。劳动者在面对此类违法行为时，应勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。你可以先与工厂协商，要求其改正违法行为并支付相应的加班工资；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。