工厂12小时工作制在一般情况下是不合法的，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：

一、一般情况下的不合法性

根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家明确实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时（一般为四十小时）的工时制度。这一制度旨在保障劳动者的休息权益和身体健康。因此，在常规情况下，工厂规定员工每日工作12小时，明显超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。

二、特殊情况下的合法性

尽管一般情况下12小时工作制不合法，但在某些特殊情况下，这种安排可能被视为合法。具体来说：

1. 经过审批实行特殊工时制度：

   • 综合计算工时工作制：如果工厂因生产特点不能实行标准工时制度，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。这意味着工厂可以在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。在此情况下，即使某一天工作12小时，只要总周期内的工作时间不超过法定标准，也是被允许的。
   • 不定时工作制：对于某些特定岗位，如高级管理人员、外勤人员等，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制。这类员工不受固定工作时间的限制，但用人单位应确保员工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。

2. 加班情形：

   • 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间。一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
   • 在这种情况下，如果工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资，那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作12小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。只要每月总的加班时长不超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。

三、加班报酬与休息权保障

• 加班报酬：根据法律规定，工作日延长工作时间需支付不低于工资150%的报酬；休息日加班优先安排补休，不能补休的支付不低于工资200%的报酬；法定节假日加班必须支付不低于工资300%的报酬，且不得以补休替代。
• 休息权保障：无论实行何种工时制度，工厂都必须确保劳动者的休息权得到充分保障。过度延长工作时间可能对劳动者的身心健康造成损害，因此必须严格遵守法律规定的加班时长限制。

四、法律责任与救济途径

• 法律责任：如果工厂违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资及经济补偿。
• 救济途径：劳动者还可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决，确保劳动者的合法权益得到保护。

总结与建议：工厂12小时工作制在一般情况下是不合法的，但在特定条件下（如经过审批实行特殊工时制度或符合加班规定）可能合法。无论何种情况，工厂都必须确保劳动者的休息权和健康权得到充分保障，并依法支付相应的加班报酬。如果您作为劳动者面临此类问题，建议首先与工厂协商解决；协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等途径维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。