终审判决书与确权证发生冲突时，法院通常会根据具体情况，通过启动再审程序、行政诉讼或协调解决等方式来处理，以维护法律适用的统一性和权威性。具体分析如下：
启动再审程序：
- 如果终审判决书已经生效，但发现其与确权证存在冲突，且这种冲突可能影响到案件的公正处理或当事人的合法权益，那么根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院可以依职权启动再审程序，或者当事人也可以向法院申请再审。
- 在再审程序中，法院会重新审查案件事实、证据和法律适用，如果确认终审判决书确实存在错误，且该错误与确权证有关，法院会依法撤销或变更原判决，并作出新的判决。
通过行政诉讼解决：
- 如果确权证是由行政机关颁发的，且当事人认为该确权证违法或不当，影响了其合法权益，那么当事人可以依法向法院提起行政诉讼，请求法院撤销或变更该确权证。
- 在行政诉讼中，法院会审查行政机关颁发确权证的合法性，如果确认行政行为违法或不当，法院会依法判决撤销或变更该确权证。同时，如果终审判决书是基于该确权证作出的，且该确权证被撤销或变更，那么终审判决书的效力也可能受到影响，需要法院进一步审查并作出相应处理。
协调解决：
- 在某些情况下，法院可能会尝试通过协调的方式解决终审判决书与确权证之间的冲突。例如，法院可以组织当事人和行政机关进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协调解决的好处在于可以节省司法资源，提高解决效率，同时也有助于维护当事人之间的和谐关系。但是，协调解决需要双方当事人的自愿和合作，如果一方不同意协调或协调无法达成一致意见，那么法院仍然需要通过再审程序或行政诉讼来解决冲突。