协议书与判决书冲突时，并非一定是协议书被判决书取代，具体取决于协议书的性质、签订时间以及冲突的具体内容。以下从不同角度为你详细分析：

一、协议书性质与签订时间的影响

1. 诉讼前签订的协议书：

   • 如果双方在诉讼前已经就争议事项签订了协议书，但后续因故未能履行或产生新的争议而诉至法院，法院作出的判决书可能会对原协议书的内容进行审查。
   • 若法院认为原协议书合法有效且未违反法律法规的强制性规定，同时双方在诉讼中均未对原协议书提出异议，那么判决书可能会确认原协议书的效力，并据此作出判决。此时，协议书与判决书并不冲突，而是相互补充。
   • 若法院认为原协议书存在无效或可撤销的情形，或者双方在诉讼中对原协议书的内容产生了争议，那么判决书可能会对原协议书的内容进行修改或否定，此时协议书与判决书就产生了冲突。在这种情况下，判决书具有更高的法律效力，应当以判决书为准。

2. 诉讼中或诉讼后签订的协议书：

   • 如果双方在诉讼过程中或诉讼后达成了新的协议书，且该协议书得到了法院的确认或认可（例如，通过调解书或和解协议的形式），那么该协议书就具有了法律效力，与判决书具有同等的地位。
   • 在这种情况下，如果新的协议书与之前的判决书存在冲突，应当以新的协议书为准，因为新的协议书代表了双方最新的意思表示，且得到了法院的确认。

二、冲突具体内容的考量

• 内容完全相反：如果协议书与判决书在关键事项上的内容完全相反，例如关于付款金额、履行期限等核心条款存在直接矛盾，那么需要依据上述协议书性质与签订时间的分析来确定哪个具有更高的法律效力。
• 内容部分冲突：如果协议书与判决书在部分事项上存在冲突，而在其他事项上保持一致，那么可以分别依据各自有效的部分来执行。对于冲突的部分，同样需要依据上述原则来确定哪个具有更高的法律效力。

三、法律建议

• 审查协议书与判决书的效力：在遇到协议书与判决书冲突的情况时，首先应当审查两者的法律效力，确定哪个具有更高的法律效力。
• 寻求法律帮助：如果无法自行确定或者存在争议，建议及时咨询专业律师，以便得到更准确的法律意见和帮助。律师可以根据具体情况分析协议书与判决书的法律效力，并为你提供合适的解决方案。
• 遵守法律规定：无论协议书还是判决书，都具有法律效力，应当严格遵守。如果违反，可能会面临法律责任和不利后果。

举例说明：假设甲乙双方在诉讼前签订了一份买卖合同，约定甲向乙购买货物并支付货款。但后续因甲未支付货款，乙诉至法院。在诉讼过程中，双方达成了和解协议，约定甲分期支付货款并承担一定的违约金。法院根据和解协议制作了调解书。此时，如果甲未按照调解书履行义务，乙可以依据调解书向法院申请强制执行，而不是依据原来的买卖合同。因为调解书代表了双方最新的意思表示，且得到了法院的确认，具有更高的法律效力。

总之，协议书与判决书冲突时的处理方式并非一成不变，而是需要根据具体情况进行分析和判断。如果你遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律意见和帮助。