当法院判决书和房产使用证出现冲突时，通常应以法院判决书为准。以下是对此问题的详细分析：
一、法律效力对比
法院判决书：
- 法院判决书是司法机关作出的具有法律效力的文书，它代表了国家意志和法律的权威。
- 一旦判决书生效，即具有强制执行力，相关当事人必须履行判决书所确定的义务。
房产使用证：
- 房产使用证（通常指房产证或相关权属证明）是行政机关颁发的证明房屋权属的证件。
- 它主要证明房屋的所有权或使用权归属，但在法律效力上，通常不及法院判决书。
二、冲突处理原则
以法院判决书为准：
- 当法院判决书与房产使用证存在冲突时，由于法院判决书的法律效力更高，因此应以法院判决书为准。
- 这意味着，如果法院判决书确定了房屋的权属或使用权归属，那么即使房产使用证上的记载与之不符，也应以法院判决书为准进行认定。
申请更正或注销房产使用证：
- 如果房产使用证上的记载与法院判决书不符，相关当事人可以向行政机关申请更正或注销房产使用证。
- 申请时，应提供法院判决书作为证据，以证明房产使用证上的记载存在错误。
三、具体操作建议
核实判决书内容：
- 首先，应仔细核实法院判决书的内容，确保判决书已经生效且无误。
- 如果对判决书内容有疑问或异议，可以及时向法院提出申诉或申请再审。
与行政机关沟通：
- 接下来，应与颁发房产使用证的行政机关进行沟通，说明判决书与房产使用证之间的冲突情况。
- 提供判决书作为证据，要求行政机关根据判决书内容更正或注销房产使用证。
寻求法律援助：
- 如果在处理过程中遇到困难或阻力，可以寻求专业律师的法律援助。
- 律师可以协助你与行政机关沟通、准备相关证据材料，并代表你向法院提起诉讼（如果必要）。
四、可能遇到的法律后果
行政机关不作为：
- 如果行政机关在收到申请后未及时更正或注销房产使用证，可能构成行政不作为。
- 在这种情况下，你可以向法院提起行政诉讼，要求行政机关履行法定职责。
第三人权益保护：
- 如果房产使用证的更正或注销可能影响到第三人的权益（如房屋承租人、抵押权人等），应妥善处理相关事宜。
- 可能需要与第三人进行协商或通过法律途径解决争议。
总结来说，当法院判决书和房产使用证出现冲突时，应以法院判决书为准，并及时与行政机关沟通申请更正或注销房产使用证。如有需要，可以寻求专业律师的法律援助以维护自身权益。如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。