当协议与判决书发生冲突时，处理的原则主要基于判决书的法律效力和强制执行力。以下是对这一问题的详细解答：

一、生效判决书优先原则

判决书是人民法院根据相关法律规定，经过严谨的司法程序后依法作出的具有强制执行力的法律文书。一旦判决书生效，它所确定的权利义务关系就对当事人产生了严格的拘束力。因此，在协议与判决书内容不一致的情况下，应当以判决书为准。

例如，如果一份协议中约定的赔偿金额与法院判决书中判定的赔偿金额不同，那么当事人应当按照判决书中的金额来履行，而不是协议中的金额。

二、协议与判决书的具体关系

1. 协议先于判决书签订：

   • 如果协议是在判决书生效之前签订的，并且协议所涉及的事项后来经过了法院的审理并作出了判决，那么协议中相关的条款就会因为被判决内容所取代，从而不再具有法律效力。

2. 协议后于判决书签订：

   • 如果协议是在判决书生效之后签订的，并且协议内容试图去改变判决书已经确定的内容，那么这种情况下，该协议内容同样是无效的。因为判决书具有法律效力和强制执行力，不能被后续协议所改变。

三、解决方式

在实际操作中，如果遇到协议与判决书冲突的情况，建议首先通过友好协商的方式解决。双方可以就争议点进行沟通，尝试达成一个共识。

如果协商不成，当事人可以向法院申请变更或撤销判决书。但需要注意的是，这种申请需要符合法律规定的条件，并且法院会综合具体情况，包括协议的合法性、合理性以及判决书的执行情况等，进行审查和裁决。

综上所述，当协议与判决书发生冲突时，应当以生效的判决书为准。如果协议内容与判决书不一致，当事人应当按照判决书的规定来履行各自的义务。如果协商不成，可以向法院申请变更或撤销判决书，但需符合法定条件并接受法院的审查和裁决。