若公正过的协议与法律存在冲突，该协议中与法律相抵触的部分无效，但其他部分若符合法律规定则仍然有效。以下是对此问题的详细分析：

1. 协议与法律冲突的基本原则：

   • 根据法律规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。这意味着，如果协议中的某些条款与法律相冲突，那么这些条款将被视为无效。
   • 然而，协议的无效并不意味着整个协议都无效。如果协议中的其他部分不违反法律，且这些部分可以独立存在，那么这些部分仍然有效。

2. 公正过的协议的特殊性：

   • 公正过的协议，即经过公证机构公证的协议，通常具有更强的证明力。但公证并不改变协议的法律效力，它只是对协议的真实性和合法性进行了一种官方确认。
   • 如果公证过的协议与法律相冲突，公证机构并不承担法律责任，因为公证机构只是对协议的形式和内容进行审查，而不是对协议的法律效力进行判断。

3. 处理冲突的方法：

   • 协商修改：如果协议中的某些条款与法律相冲突，双方可以协商修改这些条款，以使其符合法律规定。
   • 寻求法律救济：如果双方无法就修改条款达成一致，或者一方认为另一方的行为已经构成了违约，那么可以寻求法律救济，如向法院提起诉讼或申请仲裁。
   • 注意时效性：在处理协议与法律冲突的问题时，要注意时效性。如果因为协议无效而遭受了损失，要及时采取措施来维护自己的权益，避免因为超过诉讼时效而无法获得赔偿。

4. 预防冲突的建议：

   • 在签订协议前进行法律审查：在签订协议前，最好请专业律师对协议进行法律审查，以确保协议的内容符合法律规定。
   • 了解相关法律法规：在签订协议前，双方都应该了解与协议内容相关的法律法规，以避免因为不了解法律而签订出与法律相冲突的协议。

在处理此类问题时，建议根据具体情况咨询专业律师（此处指像我这样的具备多领域法律实务经验的律师哦，有问题可以直接向我咨询），以便更好地维护自己的合法权益。