当签订的协议和劳动合同存在冲突时，通常以劳动合同为准，但具体需结合协议性质、签订时间、双方真实意思表示等因素综合判断。以下是详细分析：

1. 从法律效力层级看
   劳动合同是明确劳动者与用人单位权利义务的基础性法律文件，受《劳动合同法》严格保护。若其他协议（如保密协议、竞业限制协议）与劳动合同条款冲突，原则上以劳动合同为准，除非该协议是劳动合同的补充且不违反法律强制性规定。
   例如：劳动合同约定月薪1万元，但同时签订的《绩效考核协议》规定“未完成业绩则扣发50%工资”，若该扣发条款违反《劳动合同法》中“不得克扣劳动者工资”的强制性规定，则无效。

2. 从签订时间顺序看

   • 后签订的协议优先：若协议是在劳动合同之后签订，且双方明确约定“以本协议为准”或“修改劳动合同相关条款”，则可能视为对劳动合同的变更，需以新协议为准。
     例如：劳动合同约定工作地点为“北京”，后续双方签订《工作地点变更协议》明确改为“上海”，则以新协议为准。
     
   • 同时签订需结合内容：若协议与劳动合同同时签订（如入职时一并签署多份文件），需通过条款内容、双方真实意思表示判断哪份文件更具体、更针对争议事项。

3. 从协议性质看

   • 补充性协议：如保密协议、培训协议等，通常是对劳动合同部分条款的细化或补充，冲突时以劳动合同为基础，补充协议仅在合法范围内有效。
     
   • 独立性协议：如股权激励协议、借款协议等，若与劳动合同无关（如公司向员工提供无息借款），则冲突部分可能按“合同相对性”原则分别处理，不直接涉及劳动合同效力。

4. 从劳动者权益保护看
   根据《劳动合同法》第26条，若协议存在“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的情形（如约定“劳动者自愿放弃社保”），则该条款无效，仍以劳动合同或法律规定为准。

建议行动步骤：

1. 核对条款冲突点：明确冲突的具体内容（如工资、工作时间、违约金等），判断是否涉及法律强制性规定。
   
2. 收集证据：保留劳动合同、协议原件，以及签订时的沟通记录（如邮件、录音），证明双方真实意思表示。
   
3. 协商或投诉：优先与用人单位协商修改冲突条款；若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   
4. 法律程序：若争议涉及重大权益（如工资拖欠、违法解除），可直接提起劳动仲裁，由仲裁机构根据具体证据和法律判定条款效力。

如有具体协议内容或冲突场景，可进一步向我描述，我会结合细节为您分析条款效力及应对策略。