恶意出具虚假工程款结算单并实施非法占有的行为，有可能构成合同诈骗罪，但具体是否构成需结合案件事实和证据综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、合同诈骗罪的构成要件

根据《中华人民共和国刑法》第二百二十四条的规定，合同诈骗罪是指以非法占有为目的，在签订、履行合同过程中，采取虚构事实或者隐瞒真相等欺骗手段，骗取对方当事人的财物，数额较大的行为。具体构成要件包括：

1. 主观方面：具有非法占有的目的。即行为人意图通过欺骗手段获取对方财物，并意图永久性地排除对方对财物的所有权。
2. 客观方面：在签订、履行合同过程中，实施了虚构事实或者隐瞒真相等欺骗手段，骗取了对方当事人的财物，且数额较大。

二、恶意出具虚假工程款结算单的行为分析

1. 虚构事实或隐瞒真相：恶意出具虚假工程款结算单，显然属于虚构事实或隐瞒真相的行为。这种行为可能误导对方基于错误的结算单支付工程款，从而遭受经济损失。
2. 非法占有目的：若行为人出具虚假结算单的目的是为了非法占有对方的工程款，即意图通过欺骗手段获取对方财物，并意图永久性地排除对方对财物的所有权，则符合合同诈骗罪的主观要件。
3. 数额较大：合同诈骗罪要求诈骗数额较大。具体数额标准可能因地区而异，但通常涉及较大金额的工程款结算单，很可能达到数额较大的标准。

三、可能面临的法律后果

若恶意出具虚假工程款结算单并实施非法占有的行为被认定为合同诈骗罪，行为人可能面临以下法律后果：

1. 刑事处罚：根据《中华人民共和国刑法》第二百二十四条的规定，合同诈骗罪数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
2. 民事赔偿：除了刑事处罚外，行为人还可能面临民事赔偿的责任。即需要赔偿对方因虚假结算单而遭受的经济损失。

四、实务建议

1. 收集证据：若怀疑对方恶意出具虚假工程款结算单并实施非法占有，应尽快收集相关证据，如结算单、合同、付款记录、沟通记录等，以证明对方的欺骗行为和非法占有目的。
2. 及时报警：在收集到足够证据后，应及时向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。
3. 咨询专业律师：在处理此类案件时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据案件事实和证据，为你提供专业的法律分析和建议，帮助你更好地维护自己的合法权益。

最后需要强调的是，每个案件的具体事实和证据都可能有所不同，因此是否构成合同诈骗罪需结合案件具体情况进行综合判断。如果你面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律分析和建议。