监理公司在面对不合格的总承包公司时，需依据相关法律法规、合同条款以及工程实际情况，采取一系列严谨且合法的措施来确保工程质量与进度。以下是具体处理步骤与建议：

1. 明确不合格情形与依据

   • 首先，监理公司应详细记录总承包公司在施工过程中出现的不合格情形，包括但不限于工程质量不达标、进度严重滞后、违反安全规定等。
   • 依据国家相关法律法规（如《建筑法》、《建设工程质量管理条例》等）、工程合同条款以及行业规范，明确总承包公司的不合格行为及其可能导致的法律后果。

2. 发出整改通知

   • 监理公司应及时向总承包公司发出书面整改通知，明确指出不合格的具体内容、整改要求、整改期限以及未整改的后果。
   • 整改通知应确保内容清晰、具体，并附上相关证据或检测报告，以便总承包公司明确问题所在并采取有效措施进行整改。

3. 监督整改过程

   • 在整改期限内，监理公司应密切监督总承包公司的整改情况，确保整改措施得到有效执行。
   • 如总承包公司未按要求进行整改或整改效果不佳，监理公司应及时提出进一步整改意见或采取其他必要措施。

4. 评估整改结果

   • 整改期限结束后，监理公司应对总承包公司的整改结果进行评估。如整改合格，则可继续后续施工；如仍不合格，则需考虑采取更严厉的措施。

5. 采取进一步措施

   • 罚款与扣款：根据合同条款，监理公司可对总承包公司进行罚款或扣款处理，以弥补因不合格行为造成的损失。
   • 暂停施工：在严重不合格或存在安全隐患的情况下，监理公司有权要求总承包公司暂停施工，直至问题得到彻底解决。
   • 解除合同：如总承包公司多次整改仍不合格，或其行为严重违反合同条款与法律法规，监理公司可考虑与总承包公司解除合同，并寻求法律途径追究其责任。
   • 报告相关部门：在必要时，监理公司还应向建设行政主管部门或其他相关部门报告总承包公司的不合格行为，以便其采取进一步的监管措施。

6. 加强沟通与协调

   • 在整个处理过程中，监理公司应与总承包公司保持密切沟通，及时了解其整改意愿与困难，并提供必要的协助与支持。
   • 同时，监理公司还应与建设单位、设计单位等相关方保持协调，共同推动问题的解决与工程的顺利进行。

7. 完善后续管理

   • 监理公司应总结此次不合格事件的经验教训，完善后续工程的管理与监督机制，防止类似问题再次发生。
   • 可考虑加强对总承包公司的资质审查、业绩评估与信用管理，提高选择合作伙伴的门槛与标准。

在处理不合格总承包公司时，监理公司应始终保持客观、公正的态度，依法依规行事，确保工程的质量与安全。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。