从货款中扣除罚款后是否需要重开发票，以及该行为是否合法，需分情况讨论：

1. 关于是否需要重开发票

   • 若罚款属于合同约定的违约金或赔偿金：根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，销售方收取的款项性质若未发生实质性变化（即仍属于原合同价款的一部分，仅因违约等情形调整金额），通常无需重开发票。但需在原发票上通过红字冲销或补充开具差额发票的方式调整金额，并确保发票内容与实际交易一致。
   • 若罚款被认定为独立费用（如行政处罚、第三方罚款等）：若罚款与原货款无直接关联（如因环保违规被环保部门处罚），则销售方需单独就罚款部分向付款方开具发票（若付款方要求），且发票内容应明确为“罚款”或“违约金”，避免与货款混淆。

2. 关于行为的合法性

   • 合同约定优先：若双方在合同中明确约定“买方有权从货款中扣除罚款”，且罚款金额未超过法律规定的上限（如违约金不得超过实际损失的30%），则该行为合法。但需注意：
     • 罚款性质需明确（如质量不合格、逾期交货等）；
     • 扣除金额需有合理依据（如第三方检测报告、双方确认的损失清单等）；
     • 需保留书面通知义务（如提前告知买方扣除金额及原因）。
   • 无合同约定时的风险：若合同未约定罚款条款，买方单方从货款中扣款可能构成违约，销售方有权要求支付全额货款并主张逾期利息。此时，销售方无需重开发票，但需通过法律途径解决争议。

实务建议：

• 对销售方：在合同中明确罚款条款（包括适用情形、计算方式、扣除程序），并在扣除前与买方书面确认；若需调整发票，按税务规定操作，避免虚开发票风险。
• 对买方：确保罚款有合法依据（如合同约定或法律授权），并保留相关证据；若需销售方重开发票，应明确发票内容及金额，避免税务争议。

总结：是否重开发票取决于罚款性质，行为合法性需以合同约定或法律规定为依据。建议双方在交易前通过合同明确权利义务，并在操作中保留书面证据，以降低法律风险。如有具体案例，可进一步向我咨询细节。