在破产清算程序中，员工工资与有抵押权的债权的清偿顺序遵循法定优先规则，具体结论如下：
- 员工工资享有法定优先权，优先于普通债权但劣后于有抵押权的债权
根据《中华人民共和国企业破产法》第113条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，按以下顺序清偿：
- 第一顺序：职工工资、医疗/伤残补助、抚恤费用，基本养老保险/医疗保险费用，以及法律/行政法规规定应支付给职工的补偿金；
- 第二顺序：社会保险费用和税款；
- 第三顺序：普通破产债权（如无担保的货款、借款等）。
而根据《企业破产法》第109条，对特定财产享有担保权的债权（即有抵押权的债权），有权就该特定财产变价所得优先受偿，其清偿顺序优先于所有普通债权及职工债权以外的其他优先债权。
- 例外情形：员工工资可能通过特定程序部分优先于抵押权
若抵押财产变价后所得价款不足以清偿全部抵押债权，剩余未受偿的抵押债权将转为普通债权，参与后续分配；此时员工工资仍按第一顺序清偿，但无法逆序优先于已受偿的抵押债权。
若抵押财产变价后有剩余，剩余部分纳入破产财产，按法定顺序分配，此时员工工资可优先于普通债权受偿，但仍劣后于抵押权中已受偿部分。
实务建议：
- 对员工而言，若企业进入破产程序，应尽快向管理人申报债权，并留存劳动合同、工资条等证据，确保工资债权被认定为第一顺序；
- 对抵押权人而言，需关注抵押财产的评估价值及变价情况，若抵押物价值不足，需及时参与普通债权分配以减少损失；
- 若企业存在恶意转移财产、虚构债务等行为，可依据《企业破产法》第31-33条申请撤销，以维护清偿顺序的公平性。
如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。