行政协议中约定上级单位调解的效力问题，需分情况讨论：
调解条款本身的有效性
- 合法性基础：根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，行政协议作为行政机关与公民、法人或其他组织之间设立、变更、终止行政法律关系的协议，其内容需符合法律法规的强制性规定。若调解条款不违反法律、行政法规的禁止性规定，且不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，则该条款本身具有合法性。
- 约定优先原则：在行政协议中，双方当事人可以就争议解决方式作出约定，包括调解、仲裁或诉讼等。若协议中明确约定了上级单位作为调解机构，且该约定不违反法律强制性规定，则该约定对双方具有约束力。
调解结果的效力
- 非终局性：调解通常是一种非诉讼的争议解决方式，其结果一般不具有终局性。即使行政协议中约定了上级单位调解，调解结果也需经双方当事人确认并签署调解协议后，才可能对双方产生约束力。若一方反悔或不愿履行调解协议，另一方仍可通过诉讼等法律途径寻求救济。
- 可诉性：若调解结果未能解决争议，或一方对调解结果不满，仍可以向人民法院提起行政诉讼。在诉讼过程中，法院将对行政协议的合法性、有效性及调解结果的合理性进行全面审查。
实际操作中的注意事项
- 调解机构的独立性：为确保调解的公正性和有效性，上级单位作为调解机构时应保持独立性，避免与争议双方存在利害关系。若上级单位与争议一方存在直接或间接的利益关联，可能影响调解的公正性，进而影响调解结果的接受度。
- 调解程序的规范性：调解过程应遵循一定的程序规范，包括通知双方当事人、听取双方意见、组织调解会议等。规范的调解程序有助于保障双方的合法权益，提高调解结果的接受度和执行力。
- 调解协议的履行：若双方达成调解协议，应明确约定履行期限、方式等条款，并确保协议内容具体、明确、可执行。若一方未按调解协议履行义务，另一方有权依据协议约定或法律规定寻求救济。
建议：
- 在签订行政协议时，若双方希望约定上级单位作为调解机构，应明确调解条款的具体内容，包括调解机构的职责、调解程序、调解结果的效力等，以确保调解的合法性和有效性。
- 在调解过程中，双方应积极配合调解机构的工作，如实陈述事实、提供证据，并尊重调解结果。若对调解结果有异议，应及时通过合法途径寻求救济。
- 若调解未能解决争议，或一方对调解结果不满，应及时向人民法院提起行政诉讼，以维护自身合法权益。
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