行政协议案件是可以进行调解的。以下是详细的分析和解释：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十条，人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。
   • 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十三条也明确规定，人民法院审理行政协议案件，可以依法进行调解。

2. 调解的适用情形：

   • 行政协议案件涉及行政行为的合法性、合理性问题，以及行政自由裁量权的行使，因此存在调解的空间。
   • 特别是因土地征收、征用或出让、房屋拆迁、资源环境等行政争议或群体性的可能影响公共利益或社会稳定的案件，通过调解往往能收到良好的社会效果。
   • 行政合同行为因其兼具行政性和合意性，也更适合通过调解来解决争议。

3. 调解的原则：

   • 调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
   • 调解需要在法律允许的范围内进行，并且需要法院或相关机构的确认和监督。

4. 调解的意义：

   • 调解作为一种柔性的纠纷解决方式，能够更高效地解决行政协议争议，节约司法资源。
   • 调解有助于维护社会稳定，促进和谐社会的构建。
   • 调解能够充分尊重双方当事人的意愿，实现双赢或多赢的结果。

综上所述，行政协议案件是可以进行调解的，且调解在解决这类争议中具有独特的优势和意义。如果你面临行政协议纠纷，可以考虑通过调解的方式来寻求解决方案。