关于加油站实行“上二休一”的工作制度是否合法，这主要取决于该制度是否符合相关法律法规对于工作时间和休息休假的规定，以及是否经过相关部门的审批。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权享受法定的休息休假时间，用人单位在安排工作时间时，应当确保劳动者的休息休假权利得到保障。对于特殊工时制度，如不定时工作制和综合计算工时工作制，需要经过劳动行政部门的审批，并确保劳动者的平均工作时间和休息休假时间符合法定标准。

针对加油站这一特定行业，如果其工作性质适合实行特殊工时制度，如因工作性质特殊需连续作业，或者受季节和自然条件限制等，那么加油站可以向当地劳动行政部门申请实行不定时工作制或综合计算工时工作制。在获得审批后，加油站可以按照审批的工时制度来安排员工的工作和休息时间。

以您提供的重庆市沙坪坝区人力资源和社会保障局的批复为例，该批复中明确同意了重庆高速石油销售有限公司部分工作岗位实行特殊工时制度，其中包括加油站的相关岗位实行以月为周期的综合计算工时制。这意味着，在这些获得审批的加油站中，员工的工作和休息时间可以按照综合计算工时制来安排，只要确保员工的平均工作时间和休息休假时间符合法定标准，那么“上二休一”这样的工作制度在理论上是可行的。

然而，需要注意的是，即使加油站实行了特殊工时制度，也必须确保员工的休息休假权利得到充分保障。例如，实行综合计算工时工作制的职工要建立工时登记制度，如实记录职工工作时间情况，其平均日工作时间和综合计算周期内的工作天数应与法定标准工作时间基本相同。同时，加油站还需要确保员工在延长工作时间时获得相应的加班费，并遵守相关法律法规关于加班程序和加班时间的规定。

综上所述，加油站实行“上二休一”的工作制度是否合法，取决于该制度是否符合相关法律法规的规定，并经过相关部门的审批。如果加油站已经获得了实行特殊工时制度的审批，并确保了员工的休息休假权利得到充分保障，那么这样的工作制度是合法的。但无论如何，加油站都必须严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。