针对您提出的“养老本上88年参保企业职工为什么办理退休时93年以前按灵活就业办的这样合法”的问题，这主要涉及到养老保险缴费年限的认定以及不同养老保险制度之间的衔接问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，养老保险的缴费年限认定是基于实际的缴费记录和相关政策规定。在您的情况下，虽然您在88年就已经参保企业职工基本养老保险，但在办理退休时，93年以前的缴费年限被按灵活就业方式计算，这可能是由于以下几个原因：
政策变动与衔接：在养老保险制度的发展过程中，政策会有所调整和完善。可能存在在某个时间点，政策对于企业职工和灵活就业人员的养老保险缴费年限认定标准有所变化，或者对于不同制度之间的衔接有了新的规定。因此，在办理退休时，需要按照最新的政策规定来认定缴费年限。
缴费记录的完整性：在认定缴费年限时，社保部门会依据您的实际缴费记录。如果93年以前的缴费记录存在缺失或者不完整的情况，或者与灵活就业的缴费记录有重叠或冲突，那么社保部门可能会根据相关规定和实际情况，对缴费年限进行重新认定。
灵活就业的认定：灵活就业通常指的是非全日制、临时性、季节性、弹性工作等灵活形式就业的人员。如果您在93年以前存在过灵活就业的情况，并且按照灵活就业的方式缴纳了养老保险费，那么这部分缴费年限在办理退休时可能会被单独计算。
接下来，我们来看看这种处理方式是否合法。根据相关政策规定，养老保险的缴费年限认定应当遵循公平、公正、公开的原则，并且要符合国家的法律法规和政策要求。在您的情况下，如果社保部门在认定缴费年限时，依据了实际的缴费记录和相关政策规定，并且进行了合理的解释和说明，那么这种处理方式就是合法的。
最后，如果您对社保部门的处理结果存在疑问或者不满，您可以向当地社保部门咨询或者申诉，要求他们提供详细的缴费记录和认定依据，并根据您的实际情况进行重新认定。同时，您也可以咨询专业的律师或者社保专家，了解更多的法律知识和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。