结论：三类事业单位自负盈亏的企业员工加班能否领取加班费，主要取决于员工与单位之间的劳动关系性质以及劳动合同的具体约定。一般来说，如果员工与单位签订的是劳动合同，存在劳动关系，那么按照《劳动法》的规定，员工加班是有权获得加班费的。

详细分析：

1. 劳动关系性质：

   • 在三类事业单位自负盈亏的企业中，员工与单位之间的关系可能因具体情况而异。如果员工与单位签订的是劳动合同，那么他们之间的关系就是劳动关系，受《劳动法》的保护。
   • 如果员工与单位之间并非劳动关系，而是其他类型的关系（如劳务关系），那么加班费的支付就可能不受《劳动法》的直接约束，而是需要依据双方之间的约定或者相关法律法规的其他规定。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同是员工与单位之间约定权利和义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了加班费的支付方式和标准，那么单位就应当按照合同约定支付加班费。
   • 如果劳动合同中没有明确规定加班费，但员工确实存在加班情况，且加班是单位要求的或者与工作直接相关，那么员工仍然有权要求单位支付加班费，具体支付标准可以参照《劳动法》的相关规定。

3. 《劳动法》的相关规定：

   • 根据《劳动法》的规定，员工在法定工作时间之外加班的，单位应当支付加班费。具体支付标准如下：
     • 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬。
     • 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的200%的工资报酬。
     • 法定节假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果单位有内部规章制度对加班费有特别规定，且这些规定不违反国家法律法规的强制性规定，那么这些规定也可能对员工和单位具有约束力。
   • 另外，不同地区可能有针对事业单位加班的特定规定，这些规定也需在考虑范围内。

法律建议：

• 如果您是三类事业单位自负盈亏的企业员工，且认为单位未按照法律规定或劳动合同约定支付加班费，您可以先与单位进行协商，要求单位支付应得的加班费。
• 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，甚至提起诉讼，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果单位未按照法律规定或劳动合同约定支付加班费，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
• 同时，单位也可能需要承担因未支付加班费而引发的劳动争议诉讼的法律责任，包括支付加班费、赔偿金等。

总之，三类事业单位自负盈亏的企业员工加班能否领取加班费，需要综合考虑多种因素。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。