关于二类事业单位加班是否可以发加班费的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规来综合判断。以下是我为您提供的详细解答：

一、单位性质与劳动关系是关键

首先，我们需要明确二类事业单位的性质以及您与单位之间的劳动关系。二类事业单位，如公益二类事业单位，其员工中有一部分是与单位签订劳动合同、存在劳动关系的员工，如科研辅助人员、后勤人员等。这部分员工在加班时，其加班待遇是受到《劳动法》保护的。

二、加班费的支付标准

对于适用《劳动法》的二类事业单位员工，加班费的支付标准如下：

1. 工作日加班：应支付不低于工资的150%的工资报酬。
2. 休息日加班且不能安排补休：应支付不低于工资的200%的工资报酬。
3. 法定节假日加班：应支付不低于工资的300%的工资报酬。

三、特殊情况与内部规定

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果您的劳动合同中有特别约定加班费的计算方式或是否支付，那么应按照合同约定执行。此外，事业单位可能制定有加班相关的内部规章制度，但这些制度必须符合国家法律法规的要求，不得侵犯您的合法权益。

四、参公管理事业单位的差异

需要注意的是，如果二类事业单位中有参照公务员法管理的人员，如某些管理岗位的员工，他们加班时通常不直接支付加班费，而是给予相应的补休或补助。这是根据《公务员法》的相关规定来执行的。

五、维权途径

如果您认为单位在加班费支付方面存在违法行为，如拒绝支付或未按规定支付加班费，您可以通过合法途径维护自身权益。这包括但不限于向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等。

六、地区差异与政策调整

最后，还需要考虑到地区差异和政策调整的因素。不同地区的事业单位可能有不同的薪酬政策和财务管理规定，因此在处理加班费问题时需结合当地的法律法规和政策文件进行判断和处理。同时，随着法律法规的不断完善和政策的调整，事业单位加班费的支付标准和方式也可能发生变化。

综上所述，二类事业单位加班是否可以发加班费并非一概而论，而是需要根据单位性质、劳动关系、合同约定以及地区规定等多个因素综合判断。在实际操作中，建议您和单位均应遵循相关法律法规，确保加班待遇的合法性与合理性。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。