核心结论：针对您二十几年前建的无手续厂房现在换瓦被政府下违建停止通知的情况，您需要先明确厂房是否属于“历史遗留问题”中的合法建筑，再根据不同情况采取相应措施，包括配合调查、申请补办手续、协商处理或通过法律途径维权。以下是具体分析：

一、明确厂房性质与政策背景

1. 历史遗留问题：二十几年前建设的厂房，若当时因政策、管理等原因未办理相关手续，可能属于历史遗留问题。但需注意，“历史遗留”并不等同于“合法”，是否合法需结合当时及现在的法律法规综合判断。
2. 现行政策：根据《城乡规划法》等相关规定，未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可证建设的建筑，属于违法建筑。政府有权责令停止建设、限期拆除或没收。

二、分析政府通知的合法性

1. 程序合法性：政府下发违建停止通知，需遵循法定程序，如现场勘查、取证、告知权利义务等。若程序违法，您可提出异议。
2. 实体合法性：政府需证明您的厂房确实违反了现行规划或建设法规。若厂房符合当时政策或已通过其他方式（如补办手续）合法化，政府通知可能不成立。

三、应对措施

1. 配合调查：

   • 主动与政府相关部门沟通，了解通知的具体内容、依据及后续处理流程。
   • 提供厂房建设时的相关证据（如合同、付款凭证、照片等），证明建设时间及当时政策环境。

2. 申请补办手续：

   • 若厂房符合现行规划或可通过调整符合规划，可尝试申请补办建设工程规划许可证等相关手续。
   • 补办手续可能涉及罚款、补缴土地出让金等，需做好心理准备。

3. 协商处理：

   • 与政府协商，争取以整改、罚款等方式替代拆除，保留厂房使用功能。
   • 协商时，可强调厂房的经济价值、社会贡献（如就业、税收）及拆除可能带来的负面影响。

4. 法律途径：

   • 若认为政府通知违法或处理不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 行政复议或诉讼需准备充分证据，证明厂房合法性或政府行为违法性。

四、注意事项

1. 及时行动：违建停止通知通常设有履行期限，逾期不履行可能面临更严厉处罚（如强制拆除）。
2. 保留证据：所有沟通记录、通知文件、建设证据等均需妥善保存，以备后续维权使用。
3. 专业咨询：涉及法律程序复杂，建议咨询专业律师，确保权益得到最大保障。

最后建议：您的情况涉及历史遗留问题与现行法规的冲突，处理需谨慎。建议尽快与政府沟通，了解具体政策要求，同时咨询专业律师，制定合适的应对策略。如有进一步疑问或需要具体帮助，请随时向我咨询。