厂房因违建被没收后，两年内的处理方式需根据没收时的具体行政决定、后续是否出现新情况等因素综合判断，常见处理方向如下：

1. 若没收决定已生效且无撤销/变更，厂房所有权已归国家/集体，原权利人无权处置

根据《土地管理法》《城乡规划法》等规定，违法建筑被没收后，所有权即转移至国家或集体（具体取决于土地性质，如国有土地没收后归国家，集体土地没收后归集体）。此时：

• 原权利人无权要求返还或继续使用：没收是行政强制措施，一旦生效，原建设方或所有权人即丧失对厂房的占有、使用、收益、处分权。
  
• 两年内若未出现新情况（如行政决定被撤销、土地性质变更等），厂房通常由接收单位（如政府指定的部门、集体经济组织）管理或处置，可能用于公益用途、公开拍卖或拆除后恢复土地原状。
  

2. 若没收决定存在程序/实体违法，原权利人可申请撤销或要求补偿

若没收决定存在以下问题，原权利人可在两年内（行政诉讼起诉期限一般为6个月，但若涉及确认无效等特殊情形可能延长）通过法律途径主张权利：

• 程序违法：如未依法送达没收决定、未告知陈述申辩权、未举行听证等；
  
• 实体违法：如厂房实际符合规划要求（如后续补办手续）、没收主体错误（如应由规划部门而非城管部门作出）等。
  处理方式：向法院提起行政诉讼，请求撤销没收决定或确认无效；若厂房已被处置（如拆除、拍卖），可同时要求行政赔偿（需证明处置行为与损失的因果关系）。
  

3. 若两年内土地性质或规划调整，可能影响厂房后续处理

若没收后土地性质（如集体土地转为国有）或规划用途（如工业用地变更为居住用地）发生变更，接收单位可能根据新规划对厂房进行改造、拆除或重新利用。此时：

• 原权利人无权干预：因所有权已转移，后续处理由接收单位主导；
  
• 若涉及拆迁补偿：若厂房因新规划被征收，原权利人可能以“实际使用人”身份主张部分补偿（如装修、附属物价值），但需结合地方政策及具体案情判断。
  

4. 若两年内原权利人未主张权利，可能面临“失权”风险

行政诉讼有严格的起诉期限（一般为知道或应当知道行政行为之日起6个月内），若原权利人在两年内未通过法律途径主张权利（如申请复议、提起诉讼），且无中止、中断情形，可能因超过起诉期限而丧失救济权。此时：

• 厂房处置结果通常不可逆：接收单位已依法完成管理或处置的，原权利人无权要求返还或赔偿；
  
• 若存在特殊情形（如不可抗力、其他正当理由耽误期限），可申请延长起诉期限，但需法院审查认定。
  

建议：若您是原权利人，需尽快梳理没收决定的合法性、土地及规划现状，结合自身诉求（如撤销决定、主张补偿、阻止处置等）选择法律途径。若有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节为您分析可行性方案。