工厂违建新厂房的处理方式需结合具体违法情形、行政程序及法律后果综合判断，以下是分情况说明：
行政处罚阶段
根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的，县级以上城乡规划部门可责令停止建设、限期改正（补办手续或改正设计），并处工程造价5%-10%罚款；若无法改正（如占用永久基本农田、生态保护红线等），则限期拆除，不能拆除的没收实物或违法收入，可并处工程造价10%以下罚款。
关键点：行政机关需先作出《责令停止违法行为通知书》，工厂有权在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。
强制执行阶段
若工厂未履行行政处罚决定（如拒不拆除），行政机关可依法申请法院强制执行（《行政强制法》第五十三条）。此时工厂可能面临：
- 强制拆除费用由工厂承担（《行政强制法》第六十条）；
- 若拆除导致合法财产损失（如建筑材料），可申请国家赔偿（但需证明行政行为违法）；
- 若违建用于生产经营，可能因停产停业遭受损失，但此损失不属于行政赔偿范围（除非行政机关违法查封）。
- 刑事风险
若违建涉及以下情形，可能构成犯罪：
- 非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）：占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上；
- 重大责任事故罪（《刑法》第一百三十四条）：若违建因质量问题导致安全事故；
- 逃避缴纳税款罪（《刑法》第二百零一条）：若通过违建隐瞒收入偷逃税款。
- 合规化建议
- 补办手续：若违建符合规划要求（如未超面积、未改变用途），可申请补办《建设工程规划许可证》；
- 协商拆除：与行政机关协商拆除时间，争取自行拆除以减少损失（强制拆除可能损坏合法部分）；
- 行政复议/诉讼：若认为处罚过重或程序违法，可在法定期限内启动救济程序；
- 历史遗留问题处理：若违建建于2008年《城乡规划法》实施前，部分地区允许补办手续或缴纳罚款后保留（需以地方政策为准）。
提示：工厂需立即停止建设行为，委托律师审查违建认定依据（如规划图纸、处罚决定书），评估合规化可能性及风险成本。若涉及复杂土地性质（如集体建设用地、划拨地）或重大财产利益，建议携带相关材料面谈分析。