厂区内违法建筑的处理需结合具体情形，依据《城乡规划法》《土地管理法》及相关地方性法规进行，核心处理方式包括责令限期拆除、没收违法所得、罚款及强制执行等，具体需分情况判断：

1. 若违法建筑违反《城乡规划法》

• 核心依据：根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的建筑，属违法建设。
• 处理方式：
  • 尚可改正情形：若建筑符合规划要求，可通过补办手续、罚款等方式合法化（如补缴城市基础设施配套费）。
  • 无法改正情形：若建筑影响城市规划实施（如占用消防通道、公共绿地），由城乡规划部门责令限期拆除；逾期不拆的，由政府责成有关部门强制拆除，费用由违法者承担。
• 厂区特殊情形：若厂区位于城市规划区内，即使土地性质为工业用地，未取得规划许可的建筑仍属违法，需按上述流程处理。

2. 若违法建筑违反《土地管理法》

• 核心依据：根据《土地管理法》第77条，非法占用土地（如未办理农用地转用审批、超越批准范围建设）的建筑属违法用地。
• 处理方式：
  • 责令退还土地：要求违法者将非法占用的土地返还给原权利人或集体。
  • 限期拆除或没收：对符合土地利用总体规划的建筑，没收违法所得；对不符合规划的，责令限期拆除（如占用耕地、基本农田）。
  • 罚款：按非法占用土地面积处以罚款（如耕地每平方米100-1000元）。
• 厂区特殊情形：若厂区土地为集体所有或未依法办理征地手续，即使建筑本身符合规划，也可能因土地违法被处理。

3. 若违法建筑涉及安全或环保问题

• 核心依据：根据《安全生产法》《环境保护法》，若建筑存在重大安全隐患（如结构不稳）或污染环境（如未配套环保设施），相关部门可责令停产整顿、限期整改，甚至直接拆除。
• 处理方式：
  • 安全监管部门：对存在安全隐患的建筑，可要求企业立即停止使用，并限期整改；逾期未改的，可查封或拆除。
  • 环保部门：对未通过环保验收的建筑，可责令限期补办手续或停产整治；若造成环境污染，可处以罚款并要求恢复原状。

4. 处理程序与救济途径

• 行政程序：相关部门需依法作出《责令限期拆除决定书》《行政处罚决定书》等文书，并告知当事人陈述、申辩及听证权利。
• 强制执行：若当事人拒不履行，行政机关可申请法院强制执行（如拆除、罚款收缴）。
• 救济途径：当事人可在收到决定书后60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼；若对处罚金额有异议，可申请减免或分期缴纳。

建议：若厂区存在违法建筑，企业应尽快委托律师核查建筑合法性（如规划许可、土地手续、环保验收等），评估风险后制定整改方案（如补办手续、拆除重建或协商处理），避免因强制拆除导致生产中断或财产损失。如有具体问题，可直接向我咨询。