工业厂房公共部位违建的处理需结合法律程序、行政监管及民事权益保护综合进行，具体处理方式如下：

1. 行政监管与处罚
   根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可内容建设的违建，由城乡规划主管部门责令停止建设、限期改正（可采取改正措施消除对规划影响的），处工程造价5%-10%罚款；无法改正的，限期拆除（逾期不拆可强制拆除）或没收实物/违法收入，并处工程造价10%以下罚款。

   • 关键点：行政机关需先作出《责令停止建设通知书》《限期改正通知书》等书面决定，违建方有权陈述申辩或申请行政复议/诉讼。若涉及消防、环保等专项法规（如《消防法》第五十八条），还可能面临消防部门处罚。

2. 民事权益救济
   若违建侵害其他业主/使用人权益（如占用消防通道、遮挡采光），受害方可依据《民法典》第二百八十六条、第二百八十七条，通过业主大会或业主委员会要求违建方停止侵害、恢复原状；协商不成可向法院提起相邻权纠纷或侵权责任纠纷诉讼，主张排除妨碍、赔偿损失。

   • 证据要求：需提供违建现场照片、规划图纸、物业证明、损失评估报告等证据，证明违建与损害结果的因果关系。

3. 强制拆除程序
   若行政机关作出拆除决定，需遵循《行政强制法》第三十五条至第五十二条规定的程序：

   • 书面催告违建方履行义务，告知陈述申辩权；
     
   • 听取违建方意见并记录复核；
     
   • 作出强制执行决定并送达；
     
   • 公告限期自行拆除（期限不少于10日）；
     
   • 逾期不拆的，由行政机关或委托第三方实施强制拆除，费用由违建方承担。
     
   • 注意：强制拆除不得在夜间或法定节假日实施，不得毁坏合法财产。

4. 历史遗留问题处理
   若违建建于《城乡规划法》实施前（2008年1月1日），需结合地方性法规处理。例如，部分地区对符合一定条件（如不影响规划实施、无安全隐患）的违建，可补办规划手续或暂缓拆除，但需缴纳罚款或土地出让金。

建议行动步骤：

1. 立即停止违建行为，避免处罚加重；
   
2. 核查违建是否取得规划许可或是否符合补办条件；
   
3. 与行政机关沟通，争取限期改正机会；
   
4. 若涉及民事纠纷，主动协商或通过法律途径解决；
   
5. 强制拆除前，可申请行政复议或提起行政诉讼暂缓执行。
   

如需进一步分析违建性质、处罚依据或救济策略，可直接向我咨询具体案情。