收到农村自建房的《责令停止违法行为通知书》确实是一个需要严肃对待的问题，这通常意味着您的房屋建设可能存在某些不符合法律法规的情况。以下是一些详细的步骤和建议，希望能帮助您妥善处理这一问题：
一、理解通知书内容
首先，您需要仔细阅读通知书上的内容，明确指出您的房屋建设存在哪些违法行为，比如是否未经批准擅自占地建设、是否违反了土地利用总体规划或城乡规划等。理解这些具体问题，是后续采取行动的基础。
二、核实建设合法性
检查报建手续：回顾您建房时是否办理了所有必要的报建手续，包括土地使用证、规划许可证、施工许可证等。如果缺少某些手续，需要尽快补办或咨询相关部门了解补办流程。
了解土地性质：确认您建房的土地性质是否符合规划要求。比如，是否在基本农田上建房，这是严格禁止的。如果土地性质存在问题，可能需要考虑调整建设方案或寻找其他合适的建房地点。
三、与相关部门沟通
主动联系：在收到通知书后，应主动联系发出通知的部门（如镇政府、国土资源局等），了解具体违法情况和整改要求。通过沟通，您可以更清晰地了解问题的严重性和可能的解决方案。
提供证据：如果您认为自己的建设行为是合法的，或者存在某些特殊情况（如历史遗留问题），可以向相关部门提供证据支持您的观点。这可能包括土地证明、规划图纸、建设合同等。
四、考虑整改或申诉
整改方案：如果确实存在违法行为，且整改是可行的，您应尽快制定整改方案并付诸实施。整改可能包括停止建设、拆除部分或全部建筑、补办手续等。
行政复议或诉讼：如果您认为通知书的认定有误，或者整改要求不合理，可以在法定期限内（通常是收到通知书之日起60日内）向上一级行政机关申请行政复议，或者在6个月内直接向人民法院提起行政诉讼。通过法律途径维护自己的合法权益。
五、关注后续动态
在整改或申诉过程中，您需要密切关注相关部门的动态和通知。如果整改到位且符合要求，相关部门可能会撤销通知书或不再追究责任。如果申诉成功，您也可能获得相应的法律救济。
六、预防未来风险
为了避免未来再次遇到类似问题，您在未来的建设活动中应更加注重合法性和规划性。在建房前，务必了解并遵守当地的土地利用规划和城乡规划要求，办理好所有必要的报建手续。
总之，收到《责令停止违法行为通知书》后，您应保持冷静、积极应对，通过合法途径解决问题并维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。