不起诉后违法所得的处理主管机关，主要取决于违法所得的性质以及相关的法律规定，一般情况下，可能涉及的主管机关包括公安机关、检察机关以及行政机关等。以下是对此问题的详细分析：
公安机关的角色：
- 在刑事诉讼中，如果检察机关决定不起诉，但违法所得与刑事案件相关，公安机关在侦查阶段可能已经对违法所得进行了查封、扣押或冻结。
- 不起诉决定作出后，公安机关可能会根据案件的具体情况和相关法律规定，对违法所得进行进一步处理，如返还被害人、上缴国库或依法予以没收等。
检察机关的监督与处理：
- 检察机关在作出不起诉决定后，对于违法所得的处理也负有监督职责。
- 如果违法所得属于应当追缴的财物，检察机关可能会建议相关行政机关或公安机关进行处理，或者直接作出处理决定（在特定情况下，如涉案财物管理权限在检察机关时）。
行政机关的介入：
- 对于某些类型的违法所得，如涉及行政违法行为的，行政机关（如市场监管部门、税务部门等）可能成为处理的主管机关。
- 行政机关会根据相关行政法律法规，对违法所得进行没收、罚款或其他行政处罚。
特殊情况下的处理：
- 如果违法所得与特定类型的案件（如贪污贿赂案件）相关，且涉及国家工作人员，那么纪检监察机关也可能在不起诉后介入处理违法所得。
- 在某些情况下，法院也可能通过民事诉讼程序（如附带民事诉讼）来处理违法所得的返还或赔偿问题。
法律建议：
- 对于不起诉后违法所得的具体处理，应首先明确违法所得的性质和来源，以及相关案件的具体情况。
- 然后，根据相关法律法规和司法解释，确定处理违法所得的主管机关和程序。
- 如果涉及多个机关或程序，应协调好各机关之间的关系，确保违法所得得到合法、公正的处理。
可能遇到的法律后果：
- 如果违法所得处理不当，可能会引发新的法律纠纷或行政争议。
- 相关机关或人员也可能因处理违法所得不当而承担法律责任。
因此，在处理不起诉后的违法所得时，应谨慎行事，确保符合相关法律法规和司法解释的规定。如果你在这方面有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。