违法所得应由公安机关、人民检察院和人民法院处理。具体处理部门根据刑事诉讼的不同阶段而定。以下是详细分析：

一. 处理部门

1. 公安机关：在侦查阶段，公安机关有权对与案件有关的财物进行查封、扣押、冻结，这包括对违法所得的初步处理。

2. 人民检察院：在审查起诉阶段，检察院会进一步核实公安机关追缴的违法所得，并提出处理意见。

3. 人民法院：在审判过程中，法院会对违法所得作出最终决定，包括是否追缴、退赔给被害人或上缴国库等。

• 例如，一起诈骗案件中，公安机关在侦查阶段会查封、扣押犯罪嫌疑人的违法所得。案件移送检察院后，检察院会审查这些财物的合法性，并在起诉时提出处理建议。最终，法院在审判时会根据证据和法律规定，对违法所得作出处理决定。

二. 处理流程

1. 收缴程序：公安机关、检察院和法院在各自阶段对违法所得进行查封、扣押、冻结，并依据法律程序进行处理。

2. 退赔被害人：若违法所得有明确的被害人，应优先退赔给被害人，以弥补其经济损失。

3. 上缴国库：对于无法找到被害人、被害人放弃认领，或扣除退赔后剩余的违法所得，应上缴国库。

我建议，如果你或他人涉及违法所得的问题，应积极配合公安机关、检察院和法院的调查和处理工作，以确保法律的公正执行。如有进一步需要，您可以继续咨询我。