结论：工程质量不合格时，工程款的支付并非绝对不支付，而是需根据具体情况及法律法规来综合判断。以下是几种常见情况的分析：
一、工程质量不合格但可修复的情况
修复义务与支付条件：
- 根据《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》，施工单位对施工中出现的质量问题或竣工验收不合格的工程负有返修责任。
- 若工程虽不合格但可修复，承包人应承担修复责任。修复完成后，经检验合格，发包人应按约定支付工程款，但有权要求承包人承担修复费用。
- 例子：如某建筑项目因施工不当导致墙面开裂，承包人负责修复后，墙面达到合格标准，发包人应支付相应工程款，但可扣除修复费用。
合同条款的审查：
- 在处理此类问题时，应仔细审查合同条款中关于质量标准、验收程序以及不合格后果的约定。如果合同中明确规定了相关条款，发包人可以依据这些条款来行使自己的权利，包括要求承包人修复并支付工程款（扣除修复费用）。
二、工程质量不合格且无法修复的情况
拒付权利与违约责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，若工程质量不合格且无法通过修复达到合格标准，发包人有权拒绝支付相应部分的工程款。
- 因施工人原因导致工程质量不符合约定，发包人有权要求施工人在合理期限内无偿修理、返工或改建。若因此造成逾期交付，施工人应承担违约责任。
- 例子：如某桥梁工程因设计或施工严重失误导致结构安全隐患，无法修复，发包人有权拒绝支付剩余工程款，并可追究承包人的违约责任。
法律后果：
- 因承包人原因导致建设工程在合理使用期限内造成人身损害或财产损失的，承包人应承担赔偿责任。
- 施工单位在施工中存在偷工减料、使用不合格材料等行为，可能面临责令改正、罚款等行政处罚。情节严重时，还可能被责令停业整顿、降低资质等级或吊销资质证书。
三、特殊情形下的工程款支付
部分合格部分不合格：
- 对于建设工程中部分质量合格、部分不合格的情况，发包人应对合格部分按合同约定支付工程款。
- 例子：如某大型建筑项目中，水电安装工程质量合格，而主体结构存在问题，发包人应支付水电安装部分的工程款。
发包人擅自使用：
- 若建设工程未经竣工验收，发包人擅自使用后，再以质量问题为由主张权利的，一般不予支持。此时，视为发包人认可了工程质量状况。
- 但承包人仍需对地基基础工程和主体结构的质量在合理使用寿命内承担民事责任。
- 例子：如某办公楼未经验收，发包人擅自入驻使用，后发现部分墙面渗水，此时发包人难以以质量问题为由拒付工程款，但承包人仍需对主体结构质量负责。
四、实践建议
协商沟通：
- 发现工程质量问题时，双方应首先通过协商沟通寻求解决方案。这有助于快速解决问题，减少纠纷和损失。
合同依据：
- 处理纠纷时，应充分参考建设工程施工合同中的相关条款和约定。合同是双方权利义务的依据，也是解决纠纷的重要依据。
法律途径：
- 若协商无果，任何一方均可通过法律途径解决争议，包括诉讼或仲裁等。在法律程序中，应提供充分的证据支持自己的主张。
总结：工程质量不合格时的工程款支付问题需根据具体情况及法律法规综合判断。在处理此类纠纷时，应兼顾公平与效率原则，确保双方的合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。